南方的戰事并沒有影響到宣化的李振新，他現在沒精力關注到其它戰區的情況。如今最重要的是在北京城，建制掌權。
吳貞毓到宣化之后雙方展開了數論的談判，最終達成了一個基本方案。大明復國后，都城正式定在北京城。同時取消南直隸建制，改為江南行省。新組建的朝廷分為兩會、兩院、十六部。
國事委員會成員名額固定為十五個正式委員，二十三個候補委員，負責事涉軍國的大事決議。軍政委員會改名為國政委員會，委員分為執行局委員、常務委員、協理委員和參贊委員，負責國政日常事務決議。當國事委員會與國政委員決議產生沖突時，舉行聯合會議，所有國事委員和國政委員共同表決，國事委員正式委員和候補委員一人有兩票資格。
國事委員為終身職務，不可世襲，其去世或者主動辭職之后，由其它委員共同推舉接替者，當然這其中不包含皇帝所占的委員資格，大明皇帝天然享有國事委員資格。還有一個名額屬于宗室，宗室的委員資格需要國事委員從大明的宗室中推舉。
國政委員暫定為常務委員三十五名其中執行委員十一名，協理委員五十二名，參贊委員八十九名、候補委員一百三十名。其中參贊委員和候補委員沒有聯合會議投票資格，聯合會議的決議同意票必須過六成才能生效，否則以國事委員會最終決議為準。
國政委員五年一屆，委員資格由下級委員會推舉名額，經過上屆聯合會議全體成員共同表決產生（國政委員換屆會議任何人只有一票，包括參贊委員和候補委員都有參與權）。同一委員資格原則上最多只有十年任期，特殊原因可以延長至十五年。
這些其實都是制度建設的問題，吳貞毓并沒有過多糾纏。影響最大的只有皇權，對他這種臣子來說反倒是增加了權勢。永歷帝可能會有意見，但他的意見不重要，人家李振新都限制了自己的權利，你當皇帝的不犧牲一下也說不過去。大明復國中皇帝到底出了多少力，自己心中沒數嗎？
老吳糾纏的主要是國事委員的資格，還有首屆國政委員會中，兩院官員的名額。
“輔臺大人、本王的意見很明確，朝廷和軍政府合流，必須以我們為主，朝廷的人員只能是補充，同時以后的選官制度也以軍政府的現行制度為主。”
“定西王、這樣一來朝廷豈不是為你們軍政府做了嫁衣？”
“話不能這么說，本來復國戰爭中，朝廷的人就沒做什么貢獻。就是現在的兩個直隸府，也是我們打下來的。朝廷的人總不能啥都不干就坐享其成吧？再說軍政府和朝廷有什么區別？別山、密之不都是朝廷的人？說白了這么做只是把庸碌之人踢出到朝廷之外而已。”
“哪總不能十六個部、除了禮部尚書以外，其它部都是你們的人吧。”
“這樣吧，禮部、戶部和教育部尚書由朝廷的人擔任，其它政事部門三個侍郎你們占一個名額怎么樣？”
“樞密院我們也得有名額。”
“樞密院中軍政部副部長你們占一個名額，其它的名額還得給各部軍頭們留名額哪。”
最終談判確定，國事委員十五個名額，原來的朝廷占三個，振新這邊占四個，皇帝那邊占一個，魯王系占一個，李定國和劉文秀占兩個，夔東占一個，姜振宇占一個。國政執行委員，朝廷占三個，李定國和劉文秀各占一個，剩下的人全由軍政府人員擔任。
李振新任國事委員會總裁，兼樞密院院長。李定國、肖正南、劉文秀、劉體純、張名振、姜振宇任樞密院副院長。肖正南兼任軍令部部長，其它職務等以后各部軍頭碰面后再定。
吳貞疏任國政委員會總統領、兼任禮部尚書、張同敞任常務副總統兼任吏部尚書、李定國代表樞密院出任副總統兼任兵部尚書、同時再和其他人溝通設兩個副總統。
“總統大人、現在方略定了，剩下的事，你和別山還有君實他們商量著慢慢定吧。”
“邦德、還有個事！帝室的待遇該怎么定？”
“這個、等陛下到京師以后再定吧，起碼得征詢一下陛下的意見，這個禮數還是得有。”
“也好、現下還有個緊急事要處理，你目前的身份入京師不合適，得給你換個王爵。吾建議啟奏陛下封你為平遼親王，這樣入城名分上合適一點。”
“就按你說的辦吧，定西王聽著確實是不應該出現在京師的樣子。對了、入京師就咱們恐怕不合適吧？陛下要不趕過來出席一下？”
“陛下那邊我派人去問吧、去武昌太費勁、估計得耽擱一些時日！要是京師到武昌也能通鐵路就好了。”
“不著急，反正我在宣化呆著也沒耽誤啥事，再等等吧。”
1659年、大明永歷十三年十月初八，北京城正式舉行了還都入城儀式。皇帝朱由樃沒來得及趕到，不過派了太子朱慈煊作為帝室的代表，代父入城。
還都儀式頗為盛大，大明太子，太子太保、國事總裁、平遼王李振新，太子太師、國政總統、禮部尚書吳貞毓，太子太傅、國政副總統、吏部尚書張同敞，太子少保、軍政部長肖正南等一眾在京重臣悉數出席。方以智帶著京城的一眾官員、名流還有百姓代表在德勝門迎接大軍入城。
太子乘坐四輪敞篷馬車，其他人騎馬拱衛，在提前組織好的百姓焚香叩拜和歡呼下，順利抵達德勝門下，進入京師內城。
本來李振新還準備在城門樓上弄一個光復講話，結果發現不具有可操作性，沒有擴音器，講的什么百姓們也聽不到。
入了內城以后，太子等人并沒有進駐皇宮，那里還沒收拾好，同時太子的身份也不方便直接入駐。那地方是他老子的地盤，輕易入駐有僭越之嫌。最后選定的地方是皇宮旁邊的西苑，作為臨時駐地，同時也是現下各部門的辦公場所。
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