事實上，雖然樞機主教們聞“改革”而色變，但就算如亞歷山大六世這種魔鬼般的人物，在成為教皇之初，也曾經思考過應當如何挽回這艘已經不堪重負的大船，只是他的野心最終還是壓過了他的良心，他不但沒能將教會的船只引向正確方向，反而將其帶入了更加危險的漩渦。
而庇護三世與他的兩個弟子正在這樣的漩渦之中，他們只要略有疏忽，就會被周圍瘋狂旋轉著的一切撕裂——之前也不是沒有教皇想要拯救日益腐朽墮落的教會，但那些既得利益者們根本不會讓他們的改革繼續下去，而他們最為擅長的就是消滅肉體的方式毀滅精神——不止一個教皇因此匆匆上位，又匆匆下臺。不過現在，他們還在觀望，畢竟之前也有過“明智”的教皇在發現事不可行時立即選擇了與他們同流合污，或是，從一開始，也只不過是庇護三世排除異己，斂財聚權的手段。
他們最為關注的，羅馬宗教裁判所的第二次徹查行動在1505年的春季展開，雖然宗座閣下意欲純潔教會的事情已經傳開，但還是有些蠢貨抱著僥幸之心——而且那兩位面容秀美，姿態優雅的年輕主教似乎對修道院與教堂里的那些大小關隘相當的熟悉，沒有什么秘密能夠逃過他們的眼睛——他們從容而又迅速地率領著宗教裁判所的修士們席卷了羅馬方圓數十里近百座教堂與修道院，令人悲哀的，仍舊戰績斐然。
修士們與修女們的衣箱里總是藏著俗人的衣物——以供他們出去或是就在修道院里尋歡作樂；圣物室里，人們奉獻給圣母或是圣靈的珠寶與呢料，時常會出現在某個風流的男子或是女人身上；修士們被嫉妒的丈夫飽以老拳也是常事，但有時也會出現卑劣的謀殺，無論是丈夫對修士，還是修士對丈夫；某個修士與某個修女如同夫婦一般的生活，共享靈與肉的啟迪，也不是那么少見…
但這些事情，比起約書亞與朱利奧在徹查過程中，涉及到更為不堪的機密，又顯得那么微不足道——偽造圣物幾乎是修士們除了抄寫圣經之外最為擅長的事情；收受賄賂，在審理案件的時候（一些地方的世俗政權也同樣掌握在主教或是神父的手里），明目張膽地偏向于那個愿意從皮囊里掏出金杜卡特或是金弗羅林的人；或者，在有些時候，他們索性為自己服務，假造文書，掠奪他人的商鋪與土地——這種事情常會發生在沒有姓氏，沒有爵位也沒有軍隊的孀婦身上，她們通常十分愚蠢，又盲目地信著主，一旦教士們拿出了她丈夫立下的捐贈文書，她們就算空著雙手被驅逐出家門，也只會抱著孩子無助地哭泣而已，當然，有些時候，這些孩子也會被舍入修道院——是的，一些教士也在做販賣人口的生意；他們也貪污，就像之前所說的那樣，圣物室里，人們奉獻的各種器皿、寶石黃金、衣料都是教士們的囊中之物，他們盡可以隨心所欲地使用它們，或是用來賄賂上位者，討好情人——而人們行圣禮、請圣經與奉獻彌撒的費用，也幾乎不可能真正被用在儀式、紙張與墨水上，任何東西都是可以以次充好的，尤其是那些人們看不見的地方；而教會與虔誠的人們最為憎惡與忌憚的罪行——敬拜魔鬼、舉行黑彌撒與背棄主，這些牧羊者們也一樣做得不亦樂乎，有時候他們是為了鏟除敵人，有時候是為了增長自己的壽命，改善自己的容貌，又或是為了博得女人們的歡心，也有為慷慨的恩主所行的…舉行這樣的黑彌撒，價格甚至還超過了真正的大彌撒。
至于那些相比起來更為微小，但也不容忽視的惡事，那就更多了，正如人們所說：“俗人們犯的罪，都可以在教士的行為中獲得例證。”偷竊、搶劫、強暴…別說他們是怎么知曉的，對于那些如同魔鬼般的修士與教士來說，這些事情不但不是罪惡，丑聞，反而是可以記錄在羊皮紙上，或是編做歌謠，又或是當作功績夸耀的美事。
樞機主教們心驚膽戰地注視著那些源源不絕地從各個教堂與修道院送往梵蒂岡宮王權大廳的證據、證物還有證人，他們等待著教宗庇護三世的發作——這幾乎可以決定他們接下來，該怎樣對付這位似乎也即將步上那些頑固之人后塵的圣父——而出乎他們意料的，圣父竟然將這件事情交給了大洛韋雷樞機。
大洛韋雷樞機不是那種不通情理的人，而且對他來說，這也是一個極好的打擊敵人與拉攏盟友的機會。
沒幾天，判決就下來了，幾乎沒有人被判為異端，他們或許有罪，也受到了懲處——雖然與他們的罪行并不相稱，但羅馬人擔心的事情沒有發生——用大洛韋雷樞機的話來說，圣父最終還是在他的勸說下改變了想法，無論如何，想要純潔教會，大概就和在想要將森林里的落葉撿拾干凈一般差不多——雖然庇護三世確實想要有一番作為，但任何事情，都需要循序漸進…他們會支持圣父，但相對的，圣父也應寬容地對待他們。
最后也只有博爾吉亞家族以及其親近之人的產業遭到了嚴重的打擊，圣父獲得了極其豐厚的收益——以及樞機們的部分讓步——他有意重組圣廷組織結構的想法獲得了大部分人的支持。
而那些心懷疑慮的小部分人，也從這個想法的細節化中看出了他們以為的利益所在——除了之前的總理公署，三法院與薪俸管理處之外，庇護三世有意拓分六個圣部——法理部，圣事禮儀部，圣職部，修會與修院部，冊封圣人部與公教部。
法理部就是現在的宗教裁判所，只是在對外的同時，它也擔起了對內整改的重任；圣事禮儀部明面上負責推行與核定圣事禮儀，實則類同與情報部門；圣職部負責審查圣職人員的品德、虔誠與學識是否能夠讓他繼續從事牧羊人的工作；修會與修院部針對的乃是所有的修會與修院；冊封圣人部并無太大新意，而公教部則監督著每一所天主教學校。
但此時，只有很少的人才能從中看出庇護三世的野心，多數人認為，這只是庇護三世用來收攏權力，買賣圣職的又一手段罷了，看看，六個圣部，能夠空余出多少可觀的職位來？
這讓樞機們都放下了心來，他們永遠不會討厭在規則中的同伴。
但這樣的結果，無疑會令一些人感到失望，譬如說，前一年才發愿做了修士的馬丁.勒德，他向自己的導師兼朋友德西修士傾訴了自己的苦惱，除了那個被欺騙了的老婦人之外，還有許多令他倍感壓抑與痛苦的事情——在這個年輕人的心中，既然罪證確鑿，那么那些罪人就該受到應有的懲罰，而不是現在這般，被他們的家族、姓氏與利益贖出去，繼續快快樂樂地做他們的牧羊人。
他曾經對那兩位只比他大一點，卻位高權重的兩位樞機抱有著熱切的希望，而他們雷厲風行的行動也仿佛證明了他的猜測，但庇護三世的虛弱與妥協讓他幾乎無法面對這顆苦澀的果實——教會依然沒有任何改變，兩位樞機的行動只是掀起了覆蓋在泥沼上的一層霧氣，讓人們看見了其中的污穢，聞見了其中的腥臭，卻無濟于事。
德西修士沒有過多地去寬慰自己的小兄弟，雖然他就在庇護三世身邊，憑借著自己異于常人的觀察力與聰明的頭腦，已經找出了一些蛛絲馬跡，但他不會和馬丁解釋——他還太年輕了，年輕得無法接受哪怕一絲黑暗。
馬丁.勒德垂頭喪氣地離開了梵蒂岡宮，在一處狹窄的街道上，他與一個教士撞在了一起，那個教士一看見他，就叫了起來：“這不是那個推翻了圣桶的人么？！”
那個教士抓著了馬丁的胳膊，氣急敗壞又得意洋洋地喊個不停——雖然過去了好幾年，他可不會忘記那個打了他又推翻了圣桶，讓他丟了職位的混蛋！
而就在他們吵吵嚷嚷的時候，大洛韋雷樞機停下了腳步：“啊。是美第奇的人。”他說：“我的使者在盧卡見過他和美第奇在一起。”他看向自己的兒子：“去問問怎么回事，如果那位教士說的是真話，不，哪怕是假話，我們也可以讓美第奇受些苦。”
約書亞沒有回答，但他徑直走向了馬丁.勒德。
“你說他打翻了圣桶，”他平靜地詢問那個教士：“是怎么一回事？”
“在圣年的時候，”教士說：“我好好兒地守在圣門邊，當然，那些不愿意奉獻的異教徒是進不了門的，我看著呢，沒有放過一個，誰知道他突然跑了過來，給了我兩拳，推翻了圣桶就跑掉啦——真可氣，衛兵居然沒有捉到他，但我現在可總算是逮到他啦！”
約書亞轉向馬丁.勒德，他仔仔細細地打量了一番這個年輕人，發現他毫無愧疚之心：“那么，”他問道：“你為什么要推翻圣桶？”
“因為里面盛滿了罪惡啊。”小馬丁理直氣壯地說：“貪婪，您看不見么？”
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