香蕉經過時間旅行，變成了膠化香蕉，那么人類經過了時間旅行，會變成什么呢？
本村哉志的瞳孔難以置信地放大了——膠化香蕉對應的，就是“果凍人”吧？
果然，十四個經過時間旅行實驗的人，全都在不同的時間變成了果凍人出現在不同的地點。
如果知道“黑深殘”這個詞的話，本村哉志絕對會把這個詞作為標簽安在這部動畫的頭上，但是他現在只是感受到了難以述說的壓抑。
分明只是一個普普通通的中二大學生的岡部居然制造出能夠將郵件發送到過去的時間機器，還通過好友阿至的駭客技術和IBN5100得知了SERN的陰謀，他難道就不害怕，不畏懼嗎？
那十四個參加人體實驗的實驗者，肯定不是自愿參加這種危險實驗的吧？難道岡部就不怕這種事情給周圍的人帶來危險嗎？
本村哉志懷著沉重的心情，動畫中岡部卻似乎放下了擔心，他重新發揮中二本色，召開了圓桌會議，開始和Lab的大家開始對電話微波爐（暫定）的命名進行了討論，并在最終得到了D-mail這個名字。
定下名字的Lab眾人，終于再次開始了關于D-mail的實驗。
在實驗中，岡部發現了D-mail能否成功發送的條件和時間有關。而紅莉棲也在之后發現了D-mail的規律：微波爐設定的加熱時間1秒相當于回溯一個小時，發送的郵件字符最多是英文36個字母或是18個日文字符。
隨著對D-mail的深入了解，大家繼續著試驗，岡部發送了讓過去的自己去買六合彩的三等獎，郵件發送的瞬間，電話微波爐（暫定）驟然發出了和往常實驗成功時的場景一樣的放電現象。
在與廣播會館樓下的人行道上類似的感受再次浸沒了岡部的意識，等他回過神來，大家好像都在詫異地看著自己，時間仿佛回到了郵件發送之前一般。
就在岡部急切地追問著實驗的結果，Lab的眾人一臉茫然的時候，琉華來到了Lab，抱歉地交給岡部一張六合彩彩票。
原來，一周前岡部讓琉華幫忙購買一組數字的六合彩，結果因為琉華的粗心，六合彩買錯了一個號碼，與七十萬円的三等獎擦肩而過。
所以說，實驗，真的成功了！
但是于此同時，世界線也從岡部沒有購買六合彩的線路移轉到購買了六合彩的世界線。
不知為何保留了記憶的岡部意識到了這一點，將這件事情告知了約翰·提托，郵件中，約翰·提托了解到了這一點，回復道：“兇真，希望你能…成為救世主！”
雖然意識到自己真的掌握住了成為救世主的鑰匙，但是岡部心中的不安卻讓他拒絕了這個選項，反而采用了自己的中二設定，狂氣的科學家鳳凰院兇真，將要利用自己發明的時間機器重譜世界的架構。
接下來，岡部周圍得知了D-mail的存在的友人們，都因為自己的愿望，開始發送D-mail對世界線進行了偏移。
琉華的D-mail下，他變成了女孩；菲利斯的D-mail下，秋葉原變成了電器街。
桐生萌郁的D-mail下，Lab的大家失去了對她的記憶，同時Lab里的IBN5100也消失了；岡部自己發出的“不要屈服于助手的威脅，跟蹤鈴羽”的D-mail下，本該在雷雨的夜晚離開Lab的大家的鈴羽留了下來，參加了大家的“安撫會”party。
同時，岡部也收到了未知來源的威脅郵件，圖片上的血色布丁，顯然是在暗示岡部可能的下場。對此，岡部雖然從心底感到了不安，但是卻堅持著自己的道路。
雖然不知道“作死”這個詞，但是愈發感覺岡部是在進行某種會威脅自己和周圍人生命的行動，本村哉志對愈發撲朔迷離的劇情感到了困惑和擔憂。
一場意外，岡部發現了D-mail只能在早晨到傍晚才能成功的D-mail的原因：原來是樓下的Mr.顯像管店里面的42寸電視機必須開著，實驗才能成功。
從這個發現里，紅莉棲意識到顯像管的原理就是將電子發射到屏幕上的熒光粉使其出現圖像，那么那個42寸的巨大電視所具備的巨大顯像管，顯然起到了向布爾黑洞發射電子的“飄升機”的作用。
這個推斷一出來，能夠發送D-mail的電話微波爐（暫定）的工作原理就這樣完整了。
與此同時，自稱是“戰士”的阿萬音鈴羽的話語和行為也愈發令人捉摸不透。
在一片迷霧掩蓋下的真相里，紅莉棲結合自己以前發布的對人類記憶數據化的論文，終于完成了能夠讓人的意識跳躍到48小時前的時間跳躍機器。
大家開始準備慶功會，承受不住時間機器帶來的壓力和潛藏危險的岡部終于決定將時間跳躍機器公布出去，交給外界來處理。這個行為讓本村哉志大大地松了口氣，也讓他對接下來的劇情發展生起了好奇——時間機器公布出去之后，劇情還要怎樣發展呢？
本村哉志很快就意識到這個擔憂毫無必要。在慶功會上，突發事件一個接一個的發生。
先是秋葉原的電車因為恐怖襲擊預告而中止，隨后岡部發現沙漏里的沙子也停止了下漏。
參加party的鈴羽得知了Lab的電腦居然還直連著SERN的服務器，立刻察覺到了危險，沒有解釋便匆忙離開了Lab，緊接著，真由理疑惑地望向奶奶留下來的懷表，說出了令本村哉志心里一涼的話語：
“咦？真由氏的懷表停了…好奇怪啊？剛剛才上過發條的…”
逐漸感覺到事情不對勁的岡部露出了恐懼的神色，他心中自從D-mail發送開始就存在的擔憂在這一刻達到了最大。
樓道里傳來嘈雜錯亂的腳步聲，在岡部驚恐和Lab眾人疑惑的目光中，一群帶著面具手持槍械的暴徒沖進了Lab，用槍械對準了尚不知道發生了什么的Lab成員們。
隨后，一個穿著緊身衣的熟悉身影出現在Lab的門口。
“桐生…萌郁…”
岡部難以置信地看著這個陰沉的女性。本來只是陰沉的她，現在反而讓岡部感到了一種威脅將至的陰冷。
“時間機器由SERN回收。”桐生萌郁對他們驚訝的反應沒有半點感想，冷漠地述說著自己的目的。
“牧瀨紅莉棲，岡部倫太郎，橋田至，你們三人跟我走。”
“真…由理呢？”岡部倫太郎害怕到顫抖的聲線里，桐生萌郁冷漠地看向椎名真由理。
“椎名真由理…不需要…”
“砰！”
在岡部倫太郎祈求的目光與令人窒息的沉默中，桐生萌郁意義不明地說著“FB”，開槍殺死了真由理，少女的血液濺在了破碎的懷表上，暫停的指針仿佛昭顯了真由理的命運。
真由理死了？！
從未見過主角的青梅竹馬會死得這么干脆，本村哉志一時間都忘記了咀嚼口中的薯片。從秋葉原的廣播會館中躺在血泊中的牧瀨紅莉棲開始，到一封封D-mail的發出，再到SERN秘密的逐漸揭曉，故事的高潮終于在椎名真由理的死開始拉開了序幕。
面對死去的真由理，曾經自認掌控了全世界的岡部再也沒有了鳳凰院兇真的狂氣，抱著真由理的身軀慟哭著。在一個個不經意間埋下的種子，釀成了現在的苦果，真由理的死也剝去了岡部的中二外殼，真正地讓他意識到了自己做過的事情到底有多么愚蠢和危險。
剛才離開Lab的阿萬音鈴羽在這時候沖了出來，身手迅猛地擊倒了暴徒們，撿起槍與桐生萌郁展開了對峙。
趁著這個時機，岡部倫太郎第一次使用了TIME LEAPER——時間跳躍機器，想要回到過去，拯救真由理。
原來如此，既然有時間跳躍機器，那么真由理就不會死了吧！意識到這一點，本村哉志松了口氣。
對于會用可愛的“嘟嘟嚕”向別人打招呼，會用“真由氏”來自稱的椎名真由理，他還是很有好感的，這樣一個無辜的少女因為無妄之災死去，他內心可接受不了。
但是劇情卻和本村哉志想象得不太一樣，無論岡部如何及時地找到真由理，真由理依舊會在2010年8月13日的8點左右死亡。就算是SERN下屬的桐生萌郁沒有出現，真由理也會被電車軋死，被槍手擊殺，被汽車撞死。
看著少女所遭遇的可怕結局，本村哉志突然想起了約翰·提托說過的一個理論——世界線收束理論。世界線雖然有分歧，但是也總會在一個點收束到一個結果上，也就是說，某些事情在一條世界線上是必然發生的。
難道說，岡部就是因為世界線的收束才無法拯救真由理的嗎？
面對目睹了真由理無數次的死亡將要崩潰的岡部，其他世界線的紅莉棲發現了他的不正常，得知了他的遭遇后，她和本村哉志一樣意識到真由理的死并不是那些外因所造成的，而是有更深層次的內因在作用，讓真由理無法在這個世界上活下去。
就在這時候，鈴羽出現在兩人面前，提出了世界線α和β的區別。同時讓兩人獲知了世界線變動率的存在，以及用真空管制作的世界線變動率計量器。
“0.337187…”
本村哉志喃喃道。這組數據，不是岡部每次變動世界線的時候出現的嗎？這么說，只要這個數據超過1%，就可以改變世界線收束的結果，真由理就不會死了嗎？
神秘的鈴羽知道這么多的信息，她又是什么身份呢？利落的身手，警惕的目光，很多常識都不知道但又很感興趣的少女，又對世界線的理論如此熟悉，難道…
