開學對普通學子而言，意味著又要寫作業了，不能再無憂無慮玩耍了，然而，對于少年偵探團而言，開學就意味著他們可以接到更多的活了。
“柯南怎么沒來呀？小哀，你知道嗎？”
一節課結束后，步美看著柯南空蕩蕩的座位，很是關心，便問起了跟柯南家很近的灰原。
灰原淡淡的道：“那位毛利偵探腿摔斷了，我想柯南應該是在醫院陪他吧。”
“啊，沉睡的小五郎摔斷腿了，我們放學后去看望一下他吧！”步美大驚，立即向偵探團的其他成員提議道。
她的話獲得了光彥和元太的一致贊同，灰原哪怕不發表意見，也被默認會一起去。
之后，課間活動時間，灰原被拉著一起去玩，本來只是一次正常的玩耍，但她卻猛然感覺自己被盯上了…
是組織的氣息！是誰？
灰原駭然環顧四周，可四周全部都是小孩子，根本沒有身穿黑衣的大人，難道是在教學樓？
“小哀，你怎么了？”步美察覺到她的異樣，關心的問道。
“沒什么，我先回教室了。”灰原徑直離去，留下三個茫然的小孩。
等到下午，柯南回來上學，步美三人當即迎上去，沒有詢問毛利小五郎的情況，而是將灰原的異樣告訴了他。
“小哀好像在害怕什么東西。”步美憑借自己的直覺，以及女生對女生的了解，說出了自己的判斷。
“害怕？”柯南看向灰原，那狀態的確有點不對，他沒有再聽元太和光彥的分析，回到了座位，等到上課后，他才小聲的詢問道，“灰原，出什么事了？”
灰原沉默了良久，在柯南問了幾遍后，她才緩慢而又憂慮的道：“我被盯上了，被組織的人！”
柯南：“！！！”
“我能感覺到，有一雙眼睛，正在暗處死死的盯著我！”灰原低沉的說道。
柯南勉強露出一絲笑容，安慰道：“是不是你太敏感了？其實不是組織的人…”
“不，那種氣息，絕對不會錯的！”灰原異常的肯定，“組織成員絕對已經混進了這所學校，可能化身為教職員工了！”
柯南心頭不由一沉，灰原不會無的放矢，也就是說，真的有組織成員潛伏到了他們身邊了，是誰？會是誰？
這個疑問一直到放學都沒能解開，柯南覺得這需要花時間來觀察校內人員，只是組織會給他們時間嗎？
來到換鞋的鞋柜，元太從鞋柜里發現了一封委托信，興奮的找不到北，步美和光彥也興奮不已，而灰原也在她的鞋柜發現了一封信，信上寫著‘終于找到你了，不要試著逃跑，否則我會殺光學校里的人’。
灰原顫抖不已，柯南湊過來一看，倒抽了一口涼氣，灰原是真的被組織成員盯上了！
目前就是不確定是單個成員知道，還是組織都知道了。
“柯南，灰原同學，快來呀，又有人委托我們了，讓我們去隔壁A班。”光彥招呼道。
灰原將紙張撕掉，撕成碎片，然后放進了口袋。
“啊，我鞋柜里好像有東西丟了，我去查一下監控。”柯南說著對灰原使了個安心的神色，然后快步沖了出去。
其他人作為一個整體，自然也跟著一起去了，可惜的是，監控攝像頭裝的位置是在角落上方，只能拍到鞋柜的背面，沒拍到正面，唯一能確定的，就是沒有大人進入。
柯南眉頭一皺，看著監控畫面想到了一種可能，但這太離譜了！
面對步美等人的詢問，柯南敷衍了過去，跟著他們一起來到了A班，見到了名叫本田優的男生。
灰原一進教室，渾身一震，死死的盯著本田優，她在這個人身上感受到了組織的氣息，可是這怎么可能呢？為什么會是一個小孩子？
柯南見狀，腦海中瞬間將剛才看的監控畫面中的某個孩子與前面這個委托人重合，然后他將灰原拉到一旁，低聲詢問道：“他就是你說的組織成員吧？你見過嗎？是侏儒？還是說…”
灰原深吸了一口氣，大腦瘋狂運轉，然后眼前這道身影和腦海中那個人重合，“朱奈瑞克！”
“嗯？”柯南連忙追問起來。
灰原退到了門口，低聲道：“他比我小一歲，和我一樣是搞研究的，只是他研究的是記憶。他雖然是個天才，但卻是個內向的人，國外讀書時會被人欺負，我幫過他幾次，他也幫我研究過藥物，后來他被組織調走去研究記憶了。”
“那他現在這副身體是吃藥了？是被組織灌下的？”柯南忍不住問道，“算了，你怎么會知道嘛。”
“我曾經少了一顆藥。”灰原幽幽的道。
柯南：“！！！”
“柯南，小哀，這位同學鄰居家的一位姐姐失蹤了，我們過去了解情況吧。”步美跑上前說道。
柯南大驚，這太危險了，哪怕這個組織成員可能是逃脫出來的，但叛逃者不一定就是善類啊！跟這個人走得近，會很危險的，更何況，灰原還收到了那封恐嚇信，在這種情況下，絕對不能讓這幾個孩子去。
一念及此，他以上廁所為借口，讓偵探團等一下，自己則跑到廁所，直接給星野空打電話。
跟這幫孩子是說不通的，那么與其讓孩子們跟這種危險分子接觸，不如換一個變態。以阿空的武力值，無論那家伙要耍什么花招，都可以應對。
自己就算用上博士發明的所有道具，都可能奈何不了阿空，而這個區區叛逃的科學家，有自己的道具多嗎？
只有同為變小之人，才會明白六七歲的身體，是何等的孱弱，不借助道具的情況下，根本無法與成年人抗衡，更何況是阿空這種變態。
阿空的武力，再加上自己的智慧，絕對能揭穿這個朱奈瑞克的陰謀，找人什么的，很可能只是個誘餌罷了。
星野空接到柯南的電話，一陣頭大，少年偵探團這幫家伙又要去破案？其實他是不想管的，但柯南卻說灰原狀態不好，還要去破案。
“唉，我在校門口等你們。”
星野空離開美食部，回家帶上奶果，直奔帝丹小學，等了數分鐘，見到柯南一行人走出校外，他當即迎了上去。
