和張居正討論后，朱翊鈞又將緬甸糜爛的報告付廷議。在朝廷上下討論期間，朱翊鈞又連著兩天到武學討論如何出兵事宜。
在軍機處的討論，一是決定是否使用京營，這一條在朱翊鈞的力主之下，逐漸達成一致；二是派兵的規模、路線和后勤保障。
云南在帝國極西之地，進出全無通途，盡數為險隘山路。自京師而至滇，五千余里。若按走一段運河到湖廣，再穿越貴州至云南這條路線；或由湖廣進四川再到云南的路線，大概要走小半年。先不說人受不受得了，光是這一路上的花費和糧秣支應，就會給地方帶來極大負擔。
為了解決京營入滇問題，武學后勤系兩年來投入大量精力對全國各地糧秣的轉運研究終于結出了碩果。劉應節組織教授和熟悉各地地理的教員，對于此次進兵路線制定了新方案：先從天津坐運糧的漕船，沿海直放杭州。
中途設兩處補給點，分別為登州、海州，待到達杭州后，由地方支應糧草和船只，沿長江溯流而上，到達洞庭湖。
過了洞庭湖，再走一段沅江，即可到貴州境內。到達貴州之后，能走水路的盡量再走一段水路，不能走水路的只好步行。
這一方案比通過運河、江運并走大段山路要好的多，獲得了與會人士一致好評。
但因為沅江上游辰江府再往西，水勢落差極大，基本無法行船。且進入了土、漢雜居之地，要經過十多個土司的地界，糧秣問題難以解決。因此朝廷要提前下旨到貴州宣慰司，令各府提前做好支應準備。
朱翊鈞見劉應節領導的后勤系方案做的面面俱到，心中甚喜。點評這一方案為“獨出機杼”，給予了賞賜表彰。
解決了行軍路線和后勤問題，還要解決水土不服和瘴癘傷人的問題。在這方面，京師醫學院派上了大用處。
在醫學進步方面，在醫學院成立后，朱翊鈞直接指明了多條研究路徑。其一是研究微生物引發疾病的方向；其二是利用解剖學研究病理的方向；其三是講衛生、消殺等護理學方向。
在疫情防控方面，首重微生物研究。而這一研究首先要有高透明度的玻璃磨制鏡片來制作顯微鏡。
萬歷元年年底，候姓匠人發明吹筒法制作平板玻璃，曾獲得朱翊鈞親筆題字并賞銀二百兩。這一事件，把大明玻璃匠人的積極性刺激到了不可思議的程度。
因為玻璃的生產制造不太需要其他產業的配套，因此在高額懸賞下發展的很快。
張鯨接到朱翊鈞制造鉛玻璃的任務后，先后發出懸賞計六千兩白銀，鼓勵內府工匠進行玻璃的工藝創新；在萬歷二年上半年，他又成立了專門的實驗室，來試驗皇帝的各種想法。
短短三年，實驗室把平板玻璃制取由吹筒法而改進到平板法；隨后因為燒炭價格高昂，又改進了燃料，用煤來制取焦炭來燒制玻璃。
但焦炭燒制的玻璃一直有些發黑，這困擾了實驗室的工匠們很長時間。按照皇帝的指示，也依據中華民族煉金術傳統，工匠們試著往里面加了點鉛——沒好用。
直到有一天，某個自肥皂廠升職到皇家實驗室的田姓工匠突發奇想，又往里面加了點草木灰濾清液的結晶，神奇的變化終于發生，大明領先英國大概七十年，率先發明了高透明的鉛玻璃。
朱翊鈞穿越到明代以后，也深思過著名的“李約瑟難題”，即中國明代為什么沒有如同歐洲生發出科學。
他記起以前隨意在網上瀏覽時，曾經看過一個鍵盤俠給出了一個特別奪人眼球的答案——就是因為中國沒有發明高透明的鉛玻璃。
這位兄臺的理論能有好幾千字，概況起來是鉛玻璃的誕生，導致了光學、磨鏡技術的突飛猛進，而隨著人類的雙眼解放，壓制歐洲數百年的神學基礎才發生了動搖。最終，古希臘留下的邏輯、科學種子雜交，終于在突破中世紀桎梏的歐洲發芽、開花，結果。
朱翊鈞倒沒有全盤接受這一理論，但鉛玻璃的發明確實是他發展大明醫學必不可少的一步。萬歷二年十一月份發明了鉛玻璃，萬歷三年正月，第一臺顯微鏡就送到了醫學院——朱翊鈞這個穿越者，真正意義上推動了歷史的車輪轉到了一個未知的方向。
顯微鏡的發明，促進了大明的微生物學從無到有，茁壯成長。而皇帝的格物之論，也從京師逐漸生發，又經過報紙的宣傳，慢慢擴散到了整個天下。
有了這一利器，再加上解剖學的配合，京師醫學院在萬歷三年先后突破了傷寒、瘧疾、血吸蟲三大疾病的致病機理。
有了機理，防治就有了方法。醫學院利用朱翊鈞指導的衛生防疫知識，經過精心準備，萬歷三年底獻上醫書一部，朱翊鈞隨即頒行天下并在兩京報紙上連載。
定下了伐緬之議后，醫學院將按照皇帝旨意，派出教師五人，學員三十人，在京營先開展一波疫情防治衛生條例的宣貫；隨后精選出聰明伶俐的士兵三百，緊急培訓外科急救知識，到戰場上當醫務兵使用——而這些教師、學員，將在戰場后方建立世界上第一個野戰醫院。
有了隨軍醫護，這只征緬大軍算是武裝到了本時空全世界最豪華的程度。
因為這一仗關系到帝國穩定緬甸的戰役目的能否順利達成，這主帥選擇也頗傷腦筋。
在主帥選擇上，武學作戰系在殷正茂的帶領下，也向朱翊鈞提出了好幾個人選。
一開始他們按照國朝“以文制武”的傳統，選擇的主帥都是文臣——殷正茂當仁不讓，主動請纓要到緬甸開疆擴土。
被朱翊鈞親自否定后，正經起來的作戰系終于提出了履歷豐富，戰功卓著的人選：
排在第一位的為劉顯。這位老兄現在六十歲，祖籍江西南昌。他生而膂力絕倫，也讀過幾本書，但家貧落魄。后來跟著朋友跑到四川，在鄉下做了幾年私塾老師。
劉顯當老師期間，教的學生打架比背書厲害。他朋友一看不是頭，建議他賄賂當地衙門，冒籍為軍戶從軍。
當兵之后，劉顯終于顯露鋒芒。嘉靖三十四年，宜賓苗亂，巡撫張臬出兵征討。這位老兄陷陣格殺五十余人，擒首惡三人。
所謂一將成名萬骨枯，劉顯由此功直升副千戶，他不太滿意，又跑到兵部花了一筆錢，加銜指揮僉事。此后就進入升官快車道——歷任浙江都司參將，曾于浦口岡下大敗倭寇，遷副總兵，后又盡殲劉家莊倭寇。嘉靖四十一年，充總兵鎮守廣東時，率軍赴福建援助抗倭，與戚繼光、俞大猷等連續破倭。繼任狼山總兵，統制大江南北，防倭進犯。
萬歷四年的此際，劉顯進官都督同知、左軍府都督，任作戰系教授。系主任殷正茂在推薦報告上點評道：“顯有將略，但居官不守法度。”
報告報到兵部尚書處，譚綸又加了一段點評：“精悍馳騁之能，在靖江伯之上——然御軍全無紀律。”
朱翊鈞看了點評之后，心里先打個突，接著看他們推薦的第二名主將。
