然后，阿亮來到關押冬月的地方，救出了他。
而后美里也得到了釋放。
美里問起阿亮怎么樣了，來人并不知道。
這個時候，阿亮出現在一間倉庫，門打開了。
阿亮知道是誰來了，說道來的太慢了。
美里回到家，說到了阿亮的留言。
他說自已大概已經給她造成很多麻煩，他向美里道了歉，并且委托美里給自已的花澆水。
最后她說真相和你筒子啊你不要困擾勇敢向前，如果還可以再見的話，就會說出8年前的那句話。
美麗聽完留言哭了出來。
明日香在同步測試時候想起自已的麻美。
患有精神病的媽媽，經常將洋娃娃當成自已。
心情不好的明日香，同步率直線下降。
赤木開始下令直接以修復零號機為優先，暫且放棄了二號機。
美里得到了從面傳來的情報，全世界正在7個地方建造了13臺EVA，開始了量產。
隨著不斷的測試，明日香和EVA的同步率越來越低。
電梯中綾波麗告訴明日香。
不打開心扉，EVA是不會動的。
而明日香則和綾波麗說，她只是一個人偶，完全按照父親指示做事的人偶。
凌波回答就是這樣，明日香打了他一巴掌。
這個回收在軌道出現了一個使徒。
美里命令零號機擔任攻擊手，二號機輔助。
明日香卻不服從命令，擅自沖了出去。
此時的初號機已經被凍結，無法出戰。
二號機在雨中拿起武器，由于射程不足，二號機無法射擊。
增時候一道光線涌入，使徒發動了精神攻擊。
明日香出現了精神污染，混亂中明日香發動了攻擊全都打空了。
赤木下令，讓明日香撤退。
明日香卻說，如果現在回去還不如讓自已死在這里。
此時零號機扣動扳機，成功擊中了使徒。
可是由于距離太遠沒有擊穿使徒的AT立場。
赤木發現，使徒在測試明日香的精神波長。
她意識到使徒是想了解人心。
碇真嗣請求讓自已出擊，遭遇到父親的拒絕。
隨手父親下令零號機來到下層，取出了朗基努斯之槍。
美里覺得第三次沖擊只是一個騙局。
朗基努斯之槍穿透了使徒的AT立場殲滅了使徒。
而自身也突破了速度，一動到月球軌道回收是不可能的。
明日香被救了，但是非常憤恨救自已的是被自已嘲諷過的綾波麗。
明日香住在了班長家里，每天打著游戲。
她覺得自已沒有駕駛EVA取得勝利已經失去了人生價值。
不管變成什么樣都無所謂了。
面對父親下令拔出朗基努斯之槍非常不滿。
父親表示是逼不得已。
而面似乎已經對他無法容忍。
此時又一使徒來襲，美里下令價格零號機發射出地面二號機支援。
初號機也會解除凍結。
使徒在天我看高難中而后迅速刺穿零號機的AT立場，進入了零號機體內。
開始了和零號的解除。
而喲與二號機和明日香的同步率不足倆為數根本無法前進，不得已被收回去。
綾波麗在駕駛艙痛苦萬分。
這個時候父親下令解除初號機的凍結。
不想初號機剛一出擊就被使徒擊碎了武器。
這個時候零號機的AT立場開始反轉，綾波麗想要借此困住使徒。
美里讓他趕快撤退，而綾波麗卻說自已走了，AT立場就會消失，碇真嗣會有危險。
自已的心就是想和碇真嗣在一起。
零號機發生了爆破，在爆破前的最后一秒，綾波麗又看到了父親。
使徒被消滅，赤木馬帶人尋找綾波麗。
隨后發現被嚴重損毀的倉管。
按照死海文書的記載，使徒只剩下一個。
面決定加緊對父親的控制。
凌波醒了過來，碇真嗣趕去醫院，他說謝謝綾波麗救了自已。
綾波麗卻不知道碇真嗣在說什么。
美里打開了阿亮給自已的東西，里面有阿亮想要告訴她的話。
美里好像走到了。
隨后她找到了赤木，并且威脅她告訴自已關于據點的秘密。
碇真嗣也出現在現場，赤木帶著倆人來到下面。
地下有無數半成品EVA。
赤木說碇真嗣的母親就在這里去世的。
隨后三人來到一個房間，他們看到里面有無數綾波麗。
赤木說這些都是沒有靈魂的容器，說完就毀滅到了他們。
她好像也喜歡父親，并且對綾波麗有深深的妒意。
隨后跪在地哭了起來。
明日香回想起母親死去的事情，隨后她失去了適合者的身份。
父親詢問赤木為什么破壞傀儡系統。
赤木說自已只是破壞綾波麗，而父親其實從來不在乎自已。
碇真嗣在湖邊，發現坐在石頭哼唱歌曲的男子。
他直接交出碇真嗣的名字，并且高速碇真嗣自已的名字是阿軒，是第五適任者。
大家絲毫都不知道哦啊他的來歷，只是知道生日和第二次沖擊完全相同。
同步測試開始了，阿軒居然做到了和二號機完全同步。
大家都有些吃驚。測試結束后，阿軒看出碇真嗣有些害怕和人解除。
阿軒告訴碇真嗣，不和人接觸就會避免傷害。
但是并不可以忘記寂寞，因為人類本身是孤單。
但是也因為可以忘記，人CIA可以活下去。
他說碇真嗣的心如同玻璃一般纖細，值得自已對他有好感。父親看著初號機，想到朗基努斯之槍已經不再。
只要消滅最后一個使徒，愿望就要試下。
碇真嗣沒有回家，回到了阿軒的家中。
阿軒問他是不是討厭人類，他說自已很討厭父親。
卻很奇怪為什么對阿軒說這些。
碇真嗣回頭看到對方看著自已。
他告訴碇真嗣，自已說不定是為李翔宇才是。
美里偷偷調查挨訓的資料。
原來他可以在自已的一直下自由設定和EVA的同步率。
這個回收阿軒帶著二號機向據點下去。
警報響了起來，又一使徒出現了。
美里發現二號機出現動了，可是明日香明明在病房，這不可能。
這時候據點出現了AT立場，阿軒就是使徒并且還在不斷下降。
而這一切都是面計劃的，并且期待初號機完成最后計劃。
父親下令讓碇真嗣去解決。
碇真嗣卻無法接受阿軒是使徒，隨后強迫自已跟塌 初號機和二號機打了起來，阿軒說EVA和自已打手很提是一樣，因為也是從亞當衍生出來，只要沒有領就好。
碇真嗣刺向阿軒，但是阿軒的身出現了AT立場這是任何人都擁有的心智比張。
此時二號機也刺中的初號機，他們一起來到據點。
為了避免第三次沖擊，美里決定逼得不已時就讓這里自爆。
沒想到出現了強力的AT立場，倆臺EVA都被屏蔽。
碇真嗣和阿軒抵達了中心位置，綾波麗居然也出現在這里。
阿軒發現十字架的不是亞當而是莉莉絲。
此時初號機擊敗了好幾，并且抓住了阿軒。
阿軒說治一治希望碇真嗣可以阻止二號機。
不是這樣自已就要和二號機一起繼續活下去。
碇真嗣問他是為什么。
阿軒說繼續活下去是自已的命運，哪怕毀滅一切。
而對于自已來說死和生是等價的，死亡才是自已唯一的自由。
碇真嗣完全聽不懂他在說什么。
阿軒卻說這是遺言，他說碇真嗣不是應該死亡的從子啊，而微辣才是必要。
隨后抬頭看了言綾波麗，他告訴頂針是，謝謝你，能夠和你相遇，我和你高興。
終于在漫長的沉默中，碇真嗣殺死了最后的使徒。
碇真嗣來到醫院看望明日香。
他對明日香說救救我，然而對方并沒有回應。
碇真嗣開始用力晃動明日香。
在這以后，最后一個使徒消滅了，但是還是沒有解決境界。
美里坐在車里，她已經知道了所謂的補完計劃。
所這是一種將走到盡頭的人，進化為單體生物的補充計劃。
她覺得面還會為此利用EVA。
的確如此，面將希望寄托在莉莉絲的EVA初號機身。
此時超級計算機被入侵，防御被攻破。
父親派遣人找到已經不再工作的赤木，委托她抵抗超級計算機的入侵。
美里受到消息，面已經取消對據點的保護。
目的絕對不是入侵超級計算機那么簡單。
這個時候赤木解決了入侵。
計劃失敗以后，面決定直接占領。
之后開始了攻擊，美里覺得他們的目標是EVA，那么一定會干掉碇真嗣。
隨后通知碇真嗣進入初號機，躲避并且將病房中的明日香移動進二號機。
此時沒有了綾波麗的終極。
美里下令讓碇真嗣進入地下，但緊跟著發現碇真嗣沒有在里面。
面實力強大，據點落入下方。
美里在努力拖延時間。父親找到了綾波麗。
說是約定時間到了，帶走了他 此時敵人發信啊了碇真嗣，還好美里及時趕到救下了他。
她讓碇真嗣去駕駛EVA。
碇真嗣卻說自只想死，其他的什么都不想做。
面開始攻擊據點，美里告訴碇真嗣，他們要發動第三次攻擊。
十五年前為了讓傷亡降低，從而在使徒決心的回收將亞當還原，引發了第二次沖擊。
而人是從一個叫莉莉絲的生命體之源中誕生出來的。
人類便是第十八使徒，其它的使徒也可以看成是舍棄人類形體的怪物。
雙方都拒絕了對方的存在。
面發現據點的電話無法接通。
而后有發現不玩計劃，所以才去攻擊。
而這些都是面你透露但 這個時候二號機在水下被發現，明日香生死不明。
她不斷的高手自已不可以死，但是母親好像出現了，一束光閃過，二號機出來以后。
明日香無所畏懼開始瘋狂反擊。
面發現明日香在阻止自已的計劃，隨后下令觸動了九臺量產機EVA。
美里聽到了消息，她讓明日香一定要堅持住。
隨后拉起碇真嗣走向初號機。
而此時的二號機只剩下三分鐘的電量。
明日香想到這樣的話只有二十秒干掉一臺。
美里帶著碇真嗣來到入口卻不小心中彈了。
敵人沒有繼續追擊而是決定爆破這里。
美里將碇真嗣推到欄桿，告訴他說從此以后你就是一個人了。
碇真嗣卻無法鼓起勇氣。
美里不會同情他，如果他什么都不做，自已一輩子都不會原諒他。
他鼓勵碇真嗣字啊一次駕駛EVA。
送碇真嗣看到美里的血跡，泣不成聲。
明日香還在和涼茶級大戰，不禁怒吼道白癡碇真嗣不可以相信。
父親帶著綾波麗來到莉莉絲的面前，發現旁邊坐著赤木。
赤木拿出武器，她偷偷拿出計算機的程序準備和父親ton歸于盡。
但是面否決了他。
赤木名表了，母親選擇了愛人。
隨后父親沙雕鱗翅目，此時二號機只剩下一分鐘點亮。
明日香將一臺量產機擊殺以后，她的眼神中滿是憤怒。
這個時候一把武器將二號機充了出來但是那把武器穿透了AT立場，此時二號機電力好幾。
剛剛打到的家伙。
但是卻被其他的武器。
初號機自已動了起來，天空中刮起狂風。
他看到了被直接的的家伙，只要再次和莉莉絲融合就可以和自已的棋子合成。
這時候父親開始聊不完計劃。
朗基努斯之槍飛了回來。
開始祈禱了，最后的儀式。
量產圍繞著卡巴拉第三次沖擊要來了。
黑色之月暴露了出來。
父親還在進行儀式。
綾波麗說自已不是父親的玩偶，而碇真嗣正在呼喚自已。
隨后勁入莉莉絲的體內。
伴隨著心猿意馬的心跳的聲音，莉莉絲來到了碇真嗣面前。
隨著祈禱，量產機和莉莉絲童話。
同時得到生命果實和智慧果實的。
如今的碇真嗣成為了最后的希望哪 碇真嗣想起來童年的回憶，他想起了很多事情。
碇真嗣覺得這個四姐妹我有人合同礙眼的事情，他一直以為別人和自已意義昂，但是大家出賣了自已。
不管如何什么都不會改變。這個時候莉莉絲彈出身體，大家面前出現了一個個凌波。
凌波變成自已想要的人。
所有人的AT立場都消失了。
父親問他是不是害怕兒子。
他說自已會帶來傷害。
阿軒說他一直在逃避。隨后在初號機要掉頭，父親失去。
此時莉莉絲手握著黑之色，他的頭部出現奇怪的裂紋，將初號機吸收了進去。
在陽光下出現了一臺車和秋千。
碇真嗣詢問這是什么呢？
這個時候傳來了凌波的聲音。碇真嗣說這不是現實。
這不是夢想，這是對現實的補償。
那我的夢在哪兒呢？
綾波麗說是現實的延續，也是夢的終結。
當碇真嗣醒來以后，她告訴這里是生命之源的地方。
“我是不是死了。”
她詢問碇真嗣這是自已希望的世界？
即便那個世界會有人傷害他也沒有關系。
碇真嗣詢問大家說。
綾波麗說是希望。
這個時候初號機從里面出來。
綾波麗說道要活下去就可以天堂。
一切回歸現實，再一次重新來過，世界恢復了和平，童話大結局。
碇真嗣和所有人幸福的生活在了一起。
