最終于從文只從徐光啟那里拿到了他的書籍著作，而孫元化已死，他的兒子們對大明十分失望，決議前去劉元昭那邊效力。
他有三個兒子孫和鼎、孫和斗、孫和京。孫和斗，屢次謝絕父親部屬的舉薦，不愿為官，潛心整理父親的文稿，編成《水一方人集》。
孫和斗也是被兄弟們勸著，要是崇禎發現他們在劉元昭把邊，肯定會派人來找孫和斗，留在大明十分危險，還不如去劉元昭那邊處理父親的文稿。
于從文在一旁說道“令尊曾為大明建設炮兵，吾皇也很重視，急缺像你們這樣的人才，到了吾皇麾下，你們的才能就有用武之地！”
孫和斗嘆了一口氣“去，是要去的，但是孔有德他們麾下有大批人原是我父親麾下，有一群精銳炮兵，可惜了他們啊。”
于從文點頭道“你們放心，我這就向陛下請求支援，盡量救出這批炮兵。”
孫和斗拱手道“如此，在下在此謝過。”
孫元化就是因為孔有德在登州的叛亂導致孫元化被殺，而孔有德最后投靠滿清，為滿清帶去了先進的火器，以及炮手。
崇禎四年（1631）八月，皇太極率清兵攻大凌河（今遼寧錦縣），祖大壽圍于城內，糧盡援絕。孫元化奉命派兵赴援。
孫元化撫登時，遼人避戰亂居山東者十萬余人，孫認為遼人可用，重用了一批遼將，今要赴援遼省，急令孔有德以八百騎趕赴前線增援。
然登州遼東兵與山東兵素不和，孔有德抵達吳橋時，因遇大雨春雪，部隊給養不足，士兵搶劫嘩變。
孔有德受毛文龍舊部李九成之子李應元的煽動，在吳橋發動叛亂，史稱“吳橋兵變”。
后孔有德倒戈殺回山東半島，連陷臨邑、陵縣、商河、青城諸城，率兵直趨登州。
孫元化急令張燾率遼兵守登州城外，與總兵官張可大發兵抗擊，兩路成合擊之勢。
然張燾與孔有德舊識，張燾的兵卒隨即投入孔有德行列，而張可大部大敗。
與孔有德是舊交的登州中軍耿仲明、陳光福等，舉火開門響應。
崇禎五年（1632）一月登州失陷。總兵張可大自殺，孫元化戰敗自刎未遂，為叛軍所俘。
囹圄中的孫元化對孔有德等叛將曉以利害，明以大義，孔有德回心轉意，請求招安。
朝廷也同意孫元化帶罪招撫，但巡按王道純藏匿了詔書，叛軍長時間求招安不得，復亂。
孫元化又說服叛軍，讓他回朝陳明真相。
孫元化返京之際，王道純襲擊叛軍，亂事擴大。兵變發生后，朝中多言孫元化已反。
三月孫元化、余大成等人被逮至京師鎮撫司，為政敵余應桂、李夢辰、路振飛所陷害，獄中曾遭嚴刑。
至此，孫元化有口難辯，被崇禎以禍亂之首判處死罪。首輔周延儒欲免元化死罪，求救于徐光啟，終無法挽回。（《明史》卷248）
最后余大成、宋光蘭、王征等遣戍充軍，崇禎五年七月二十三日（1632年9月7日），孫元化與張燾同被處死。孫元化在北京西市斬首，年僅51歲。
他的冤死一事，被其子孫和斗寫進了《國恤家冤錄》一書。遺體被兒子和部下迎葬于嘉定南門外的荒圩中，墳前立有一方石碑，上書“僉都御史孫元化墓”。（宋伯《孫元化著述略述》）
湯若望曾在孫元化死前喬裝成送炭工入獄探望，為其最后告解。孫元化是天主教徒，圣名依納爵，一生重視西方科學，為西洋火炮專家，孫元化之死，代表西方軍事專家派淡出明朝軍隊。
孫元化短短一生，有兩事影響歷史。一以炮術報效國家，近則有功遼防，遠則有利西學傳播。二開教嘉定。兩事均與教士東來、西學東漸相關。
可惜崇禎再失能臣，也可見明末朝爭之殘酷。
劉元昭得信，知道孫元化以死，也是哀嘆，如此能人，若在自己麾下，可為助力。
他不至于要把訓練炮兵一事托付給佛郎機人了。
而對于孔有德一事，劉元昭十分關注，若是讓孔有德真的帶著這伙掌握了火炮炮擊的炮兵到了滿清手中，簡直就是如虎添翼。
上回就是連夜炸毀了皇太極的紅夷大炮，才逼得皇太極與自己血戰。而且一開始炮轟，皇太極這邊也是擊中率不高，打不破自己的坦克營，才不得已撤軍。
一旦被皇太極追平，劉元昭將陷入苦戰。
如今時間已經是九月了，蒙古這邊已經是天寒地凍，他有點想像皇太極一樣，從喜峰口一路殺進京畿，然后打到山東去。
不過他也怕皇太極趁機堵住喜峰口，與他一戰，此時明軍的勤王大軍也會趕來，風險太高了。
不得已找來文書義道“登州孔有德部雖為明廷叛軍，但是他手中有一伙精銳炮兵，你可派人前去招攬，朕會派特戰隊配合。
一旦孔有德突圍上船離開大明，不管你什么手段，一定要讓這伙炮兵全死，絕不能讓他們落到皇太極手中。”
特戰隊，已經擴展到三千六百人，劉元昭手中有一千二，烏蘭城有一千二，歸德城也有一千二。
文書義領命之后，吩咐自己心腹李福天去辦此事，同時與特戰中隊長趙德全一同離開云中。
劉元昭知道孔有德會在明年投靠滿清，他覺得這是個挑撥崇禎與皇太極之間關系的機會。
于是，劉元昭以求娶正室的名義派遣使團前去遼東，希望可以迎娶皇太極的妹妹或者女兒，兩國結成兄弟之邦，共同南下，瓜分明朝。
皇太極豈不知劉元昭的心思，當然是當場拒絕，將使團人員侮辱一番遣送回劉元昭這邊。
而劉元昭在向皇太極這邊派遣使團時，就向于從文派出了信使，讓他開始輿論攻擊。
首先，經常內出現了，明廷與遼東女真和談的消息，兩國化敵為友，以山海關一帶為界線，不再征伐，而且還有開通馬市相互貿易。
一時間那是百姓群情激奮，大官豪商們背地里暗喜，表面不關己事。也有一些熱血文人墨客抨擊朝政，聲稱皇帝身邊有奸臣。
隨后，京城里又流傳出遼東女真與蒙古草原上的劉元昭背地里已經定下聯姻之策，劉元昭將南下攻打宣大一帶，遼東女真繼續攻打松錦一帶。
流言越來越多，塵囂而上。
就連崇禎也知道了。
他當即招來閣臣，詢問他們道“為何如此私密之事，鬧得沸沸揚揚！如今百姓們怎么說？朕的名聲該怎么辦！”
周延儒老神在在，溫體仁看了一眼幸災樂禍的周延儒，硬著頭皮道“陛下，這定是劉元昭的人干的。”溫體仁直接把鍋丟了出去。
崇禎惱怒道“真是太猖狂了，這些人為什么就抓不干凈！叫駱養性過來！”
沒多久駱養性前來拜見。
崇禎劈頭蓋臉的罵道“駱養性，你這錦衣衛指揮使怎么干的，這流言鬧得雞飛狗跳了，你們錦衣衛一點動作都沒有嗎？源頭在哪！”
駱養性跪在地上，頭上冒著冷汗，道“啟奏陛下，臣已經帶人在查了，這些人不漏痕跡，實在是前所未見的招術。
那些流傳信息出來的人都是一些落魄學子，恰好想因此事，弄出點名聲，所以他們專門找人多的地方說…”
“啪！”
崇禎氣的拍案而起“混賬！朕不是在這里要聽你的廢話，朕要看結果，看結果！十天之內，把事情解決。”
駱養性渾身一顫抖，道“臣領命！”
崇禎對閣臣們問道“那些女真人靠得住嗎？朕不太相信他們，或許他們真的和劉元昭在背地里有什么動作呢？”
周延儒連忙說道“陛下說的對，皇太極的父親努爾哈赤，本就是我大明武將，因李家養寇自重，才得以壯大實力。
有其父必有其子，皇太極此人有多少可信也不見得，陛下，臣以為，我們還是要謹慎一些。”
“朕知道了。”崇禎點頭道，“既如此，到時候互市通商，嚴查糧食貿易！下旨告訴各邊，一旦查到走私糧食，就可以直接扣押，抵作軍糧。”
徐光啟進言道“陛下英明，臣以為不管是劉元昭還是皇太極都是敵人，都不可信，大明唯有靠自己才可以渡過難關。”
周延儒和溫體仁等人是想反對啊，但是他們也不太敢說，這時候說這個肯定要被崇禎記上，太危險了。
駱養性自從皇宮里出來，心情就不暢快，這次不搞定流言一事，他最多還能活十天。
回到錦衣衛的北鎮撫司，駱養性就下令道“先把那些到處談論流言的窮酸秀才都抓了，有身份就去找他父輩，告訴他，別被我駱養性逼急了。”
于是錦衣衛緹騎四出，到處抓捕冥頑不靈的人，一時間北京城里人心惶惶，人們又感受到了往日那個恐怖機構的恐懼。
就好像魏忠賢在時的東廠番子一樣。
于從文見機添了一把火，他花重金買通了一個言官，讓他彈劾錦衣衛行事囂張，宛如閹黨在位時。
這話氣的崇禎臉都憋紅了，事情是他讓駱養性干的，這罵駱養性不就是罵自己嗎？
但是他也不能打殺了這言官，這簡直就是讓這言官出名，真的是打又打不得，罵也罵不得。
散朝后，崇禎就找來了駱養性責問他手段太過酷烈，有損名聲。
駱養性有些憋屈，不過想自己性命一事，他只能收起委屈。
劉元昭把北京城弄的雞飛狗跳，但在云中，他已經開始集結兵力，決定在十月份攻入明軍關內，攻打宣府和大同。
同時還有劉振奮在歸德城配合，進軍陜西行都指揮使司，將其攻占。
劉元昭在云中動員兵力兩萬余，劉振奮那邊動員兵力三萬余，而烏蘭城的劉進忠領兵一萬進入察哈爾部以西，震懾科爾沁等蒙古諸部。
劉元昭的兵力分部，在歸德城已經擴軍到五萬，其中蒙番騎兵一萬三，步兵營七個，戰車營兩個，騎兵營一個，輜重營兩個。
云中兵力三萬余，蒙古騎兵一萬，兩個戰車營，兩個步兵營，一個騎兵營，兩個輜重營。
而在烏蘭城，只有兩萬蒙古騎兵，不過裝備輕炮，魯密銃等火器。
劉元昭這一次不僅要拿下陜西行都指揮使司，同時進入宣大附近擄掠人口，補充到自己治下。
人口已經成為制約他發展的短板。
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