公元2015年，繼“第二次沖擊”之后，世界又面臨著新的威脅。
恐怖的入侵者們大肆屠滅人類，它們是一種似人的巨大機械戰斗群，所到之處簡直是一片煉獄，幸存下來的人們終日在惶惶不安中度過，并將入侵者稱為”使徒”——上帝派來的使者。
人類此刻的各種軍事武器對使徒可說是毫無用處，為此，NERV組織以最精密的技術，花費巨資研究出一種以駕駛員的神經直接控制的”泛用人形決戰兵器”。
這種高科技產物將駕駛員與機器做了精細的契合，籍由意志及身體的反映來控制EVA。不過由于當時這些技術還在研發階段，所以有許多障礙還無法立即克服。而且因為并不是每個人都能自由的駕駛EVA，駕駛人選一直是NERV最頭疼的地方。
NERV分部——D國基地 數百名身著白色制服的研究人員正在忙碌著，當一切準備妥當之后，他們看著屹立在眼前的紅色作戰裝甲——EVA二號機，眼中露出了灼熱的光芒。
“冷卻完畢。”
“完成右手腕重新固定...”
“機體內所有接觸無誤...”
“停止信號，插頭已經排出...開放脊椎傳導系統...”
“準備連接...開始第一次接觸...”
.....
EVA二號機，這座人形作戰機甲有近百米的高度，從任何角度看上去都足以震撼人心。
駕駛中有一名少女，她叫明日香，是一個混血兒，一頭金黃色的長發，穿著紅色戰斗服，精致的臉龐，略帶嫵媚。
她今年只有十四歲，便從全球數億人口中脫穎而出，成為與EVA二號機適配程度最高的準駕駛員。
她臉上并沒有多少緊張的神色，隨著考核的推進，雙眸越來越亮：“能夠從這么多人之中成為eva的操縱者，然后與使徒戰斗將它打敗，而借此得到大家認同的話，這就是我最幸福的事。”
“母親，你會支持我的，對么？”
明日香與二號機淵源頗深，她的母親惣流‧今日子‧齊柏林是EVA計劃D國分部的科學家。
當她4歲時，今日子參加了的二號機的連結實驗，雖然從實驗中存活下來，但是卻發瘋了。
今日子將明日香的娃娃當作是自己的女兒，而拒絕承認明日香才是自己的女兒，最后上吊自殺身亡，這件事給明日香幼小心靈造成了極大的打擊，她性格傲嬌好勝卻又非常脆弱，沒有安全感。
“初步接觸沒有問題...雙向回路開通...”
“同步率69.2%....諧波全部正常...”
“沒有失控現象！”
一陣歡呼聲從基地中響起，他們這些科研人員為了EVA付出太多了，在過了如此漫長的時間之后，終于找到了一個同步率（即駕駛員與EVA之間的協調性、溝通和連接性。理論上在0%至100%之間浮動，當同步率數據越高時，協調性就越好）如此高的駕駛員！
在解除同步之后，明日香剛準備從駕駛艙離開，卻突然聽到了一道電子女音在腦海中響起。
叮！恭喜你加入超神次元聊天群。
“聊天群....什么東西...母親，我是太思念你了么？”
明日香搖了搖頭，想把腦海中的雜音甩掉，經歷過小時候的陰影之后，她時常會感受到一種來自靈魂深處的孤獨，那是連成為EVA正式駕駛員都無法抹平的。
數秒鐘之后，她便將這件事拋開了，臉色恢復了自然，身為一名EVA駕駛員，情緒是不可以發生波動的，她絕對不會告訴別人，自己出現了幻聽....
.....
巨峽市 白蘇接到羅達的電話之后，直接用神念定位到了葛小倫的所在位置，下一秒便來到了一處陰暗的街道上，發現自己的舍友們正在與一群小黃毛糾纏。
“臭小子，你是不是想跑！？告訴你，門都沒有！”
“你打死了我們老大，知道老大對我們有多好嗎？賠錢！”
“對，少了五百萬，我們就告到你吃一輩子牢飯。”
.....
葛小倫是有口莫辯，不斷地退后，他實在沒想到自己一次見義勇為會闖下這種禍事：“我不是...我只是推了他一下，他就倒下去了，不賴我啊....”
“我尼瑪...空調都給干碎了，你管這叫推了一下？”
“你們幾個我都認識，不就是附近江東大學的學生嗎？殺人償命，欠債還錢，這么簡單的道理不懂嗎？”
“對對對！那個...反正得賠錢！”
....
小黃毛們不知天高地厚，逼得銀河之力一退再退，任憑羅達等人怎么阻攔都沒用。
“我去...老子剛躺下沒一會，你們幾個癟犢子玩意就覺得我死了？咋地了，想造反呢？”
在這個時候，一個渾厚的聲音從身后響起，嚇得小黃毛們一個激靈。
