在遠古時期，與泰坦巨獸和平共存的人類建立了先進的古文明，但在王者基多拉降臨后，所有文明被頃刻毀滅，只留下了這些海底遺跡。
哥斯拉從第一部就沒對人類流露過多少敵意，在這里也能看出來，他和人類早有淵源。
他把火傳給了人類，他是人類歷史上最古老的神。
而王者基多拉，則是宗教中的紅龍，惡魔撒旦的化身。
它是人類宗教反派的最早起源，這場戰爭，是神魔之戰。
“現在是哥斯拉最虛弱的時候，勇敢的上吧葉之琉。”心中仿佛有另外一個聲音在跟自己說話。
“不用你提醒啦！剛才它還挨了我一發氧氣破壞彈呢！”葉之琉搓了搓手，“都有些對不起他…”
“不過無所謂啦！要想強大必然要付出代價，正常正常！”葉之琉話鋒一轉，將手中的核彈頭放下，開啟密碼倒計時，然后抬頭看向神殿上的棘刺大山。那些棘刺高高的聳立，令人想起羅馬萬神殿上的立柱，同樣威嚴不可侵犯，仿佛踏入，便處于眾神的凝視之下。
沉睡的哥斯拉睜開了眼睛，虛弱的看向他，鼻翼中的氣息已經非常微弱，低低的喘息著。
“抱歉了，這不就只能給你送好東西來了，三叉戟彈道導彈的核彈頭，當量有兩百萬噸…”他有些悻悻的道，看著哥斯拉沒動靜，終于下定決心，取出了心靈寶石，輕輕的貼在他的鼻翼下方的鱗片上。那些鱗片是溫熱的，堅硬的，代表著這只泰坦巨獸最后的頑強和堅持。
巨大的吸力傳來，他閉上眼睛，進入了哥斯拉的內心世界。
從他最開始誕生起，葉之琉清楚的看見了那個稱霸了恐龍時代和史前時代的哥斯拉種群。
在一次又一次的大滅絕中，在與寄生巨獸穆托的一次次戰斗中，這個種群的數量一次次減少。
隨著時間推移，哥斯拉種群消亡了，最后只剩下哥斯拉一只。
他是最后的神。
幾萬年前，外來物種王者基多拉降臨了地球，為了那些與自己和諧共存，將自己奉為神靈的史前人類文明，哥斯拉與王者基多拉展開了拼死決戰，這一切也留在了太古的壁畫之上。
王者基多拉因為不適應地球環境，再加上哥斯拉百般阻撓，最終永久的沉睡在了南極冰蓋，直到現在——被無知愚昧的人類放出。
后來的記憶也愈發清晰，因為地表核輻射一次次減弱，哥斯拉回到了它誕生的海底休養生息，直到廣島核彈之后，人類開啟了核能時代，導致地表平均核輻射上升，哥斯拉這才從沉睡中蘇醒，并來到地球表面，同樣也引起了人類的注意：毀滅死亡之群、挨了人類第一顆氫彈、舊金山大戰穆托、與穆托王的血斗…
“我們簽訂契約吧，互相平等，我需要你的時候，希望你能住一臂之力。”葉之琉睜開眼睛。
他看見的最后一幕，是夕陽之下，哥斯拉拖著燃燒的后背走向大海，滾滾濃煙從后背上散發出來。
他的背鰭全部被穆托王毀掉了，不過所幸，他新長出的背鰭更大也更美，能儲存更多能量。
思緒拉回。
哥斯拉艱難的睜開眼睛，挪動腦袋，勉強算是同意了。
他這次遭到的打擊實在太大了，沒有幾萬年是恢復不了的。
“嗯，再會了，吾友。”葉之琉不知怎的就擠出一滴眼淚來。
哥斯拉此時的狀態，看著實在是太讓人心酸了。
當他一腳溜進傳送之門時，核彈就在他身后爆炸。
沖擊波浩浩蕩蕩地傳開，整座海底神殿被瞬間摧毀。
傳送之門在海平面之下打開，激蕩的水流翻涌而上。
“好險…”
葉之琉浮出了海面，召喚出了阿爾法一號戰衣穿戴，懸浮于海面——海面上已經下起了大雨，一片狂風暴雨間，他看向暗流涌動的大海。
雷達檢測到巨大的物體上浮，葉之琉知道，是他。
海面上忽然出現一個超級大旋渦，渾身上下籠罩在劇烈光輝中的哥斯拉下一秒破開了海面！
他滿血復活，眼睛、鱗甲、背鰭皆散發著熾烈而耀眼的藍光！
他對著天空噴射出巨大的原子吐息，浩浩蕩蕩，橫無際涯。
天空被映照成了一片炫目的藍色，所有雨絲都在這股吐息的照耀下分開，整片大海都沸騰了，哥斯拉用這樣的方式宣告自己已經王者歸來！！
“Nice！！！”葉之琉興奮的大喊，沒錯，沒錯，就是這樣！他終于按捺不住自己激動的心情了。
哥斯拉意味深長地看了他一眼，旋即猛地扎入海中，一甩尾，留下巨大的棘刺，消失不于大海中。
“要去波士頓了，等了這么久，終于等到決戰了啊！”
葉之琉哈哈大笑，引擎啟動，向最終決戰的戰場而去！
同一時刻。
全球首都已經淪陷，白宮的濃云掠過金色閃電，看上去就像活的一般。阿果號飛掠已經殘損的國會大廈時，也不免為這一景象感到震撼。
帝王組織全體成員已經把目標設定在波士頓，因為女豬腳的女兒麥迪遜機智的帶著奧卡裝置從喬納·艾蘭的基地逃到了他們在波士頓的家。
這個膽子大上天的女孩兒甚至利用體育場的廣播擴音器試圖讓到處肆虐的泰坦巨獸全體平靜下來——居然真的讓她成功了，怪獸們真的平靜下來了，一個兩個的似乎都在安靜的等待。
等待什么呢？
新的指示嗎？
王者基多拉：我有些不爽。沒錯，他以為有新的怪獸來挑戰自己身為新任怪獸之王的地位了，于是當機立斷，拍案而起，金色的皇帝不上朝了，直接前往聲波的源頭。他已經想好了，不管是啥泰坦巨獸，只要狠狠地宰掉就行了！
來一只殺一只，來兩只殺一雙，一減一等于零，就這么簡單。
于是暴風雨就這樣來了，整座城市都籠罩在風雨飄搖中，滾滾氣霧覆蓋城市，超級風暴降臨。
果然是王者基多拉，所到之處，必有暴風雨相隨。
在體育場里，王者基多拉終于發現了真相，原來那些類似于怪流的聲波全部來源于體育場的揚聲器！他甚至還看見了把這些揚聲器打開的罪魁禍首，他使用引力射線轟炸體育場，看啊！看啊！！人類自以為巨大的建筑物，在我面前那么不堪一擊，堪堪化為灰燼。
就差一點…就可以殺掉這個該死的麥迪遜了！
可就在這時，怒吼聲遠遠的傳來。哥斯拉從大海中緩緩直立而起，隨后一腳踏上了碼頭，裂紋叢生。
煙塵四散，這天這地，都在為他的到來而顫抖匍匐。
哥斯拉儼然已經恢復了健康，渾身上下的背鰭散發著危險的藍光！在他身后，無數人類戰斗機和阿果號母艦一起趕了過來，從哥斯拉兩旁掠過，機腹下掛載的導彈開始進入點火狀態。
哥斯拉就在這狂風暴雨間仰頭怒吼，波士頓的群樓肅穆，仿佛沉默的森林，他籍此宣告對王者基多拉的審判，外來者，就該滾回去！
而人類也終于不再逃避巨獸的戰斗，盡管他們渺小如螻蟻，他們卑微如塵土，可是人類…
也是地球的主人！！
