“內剪群兇，崇朝大定，外誅巨猾，不日肅清。”————————請移都表 初平三年五月二十二日。
太尉、錄尚書事馬日磾在尚書臺召諸尚書議事，在尚書令士孫瑞、尚書仆射楊瓚的全力支持下，很快就對司徒王允的處置意見達成了一致。
隨即常侍謁者皇甫酈持節，將策書送至王允府上，宣告上意，讓王允自行謁廷尉獄。王允被免職等待發落后，其長子、侍中王蓋則被勒令罷官歸家，王氏族人不經允許，不得擅自出府。
其余黨羽，比如廷尉宣璠不屑于效仿尚書郎吳碩再次改換門庭的行徑，在謁者傳詔來之前便在家中自殺。他曾經是董卓手下，蒙王允不棄，給了他改過自新的機會，如今恩主倒下，他再也無顏茍活于世，與其在廷尉獄被往日下屬審訊羞辱，倒不如一死了之。
馬日磾得知消息后大為動容，表示要向皇帝請示，往日罪責一筆勾銷、不再追究。
除此之外，還有王允的同鄉，左馮翊宋翼與右扶風王宏。兩人各據京兆左右，兵谷富實，馬日磾與趙謙擔心此二人不服朝廷決議，割據作亂，特意派兵護送使者征召二人。
王宏，字長文，并州太原人，少有游俠豪氣，不拘小節。初為弘農太守，在郡中興起大獄，將所有向宦官購買官爵的人，一共數十人盡皆拷掠收捕，下獄論死，威震三輔，是個極有主意和決斷的人。
他接到詔書，正如馬日磾等人所料，不愿就此入京，特本想遣使赴左馮翊尋宋翼，試圖說服他與自己一同拒不奉詔，坐地觀望，好讓朝廷投鼠忌器，不敢對王允施加重罪。
可如今李傕大軍旦夕即到，左馮翊被叛軍隔離在外，就連朝廷的詔書都不一定得到，又何況是王宏的信使？聯絡不到宋翼，王宏一人也獨木難支，再加上皇帝時常在上林苑演練諸軍，而上林地近右扶風的治所槐里，重兵在側，朝廷完全可以在短時間內出動少量兵力閃擊試圖割據的王宏，再回師防御叛軍。
無奈之下，王宏只得服從朝廷征召，免除一切官職，與王允一起押入廷尉獄。
這場風波就連司空淳于嘉也未能幸免，以阿附之罪一同下廷尉獄待審，短短時間，王允黨羽幾乎被一網打盡，三公一日倒了兩個，引發朝野人心惶惶，無疑是一場政治地震。
但其中也有幸免，比如司隸校尉黃琬，由于關西豪族對其觀感不錯，為人正直，平常又未曾阿附王允做什么事，故而免去牽連。
至于王允的親信、尚書右丞趙戩，趙岐到底還是舍不得讓自家侄子陷入囹圄，在他的奔走下，選擇低頭請馬日磾為其說情。而趙戩得知后，為了報答王允的故主情誼，還是堅決辭官。
另外就是秘書丞王凌，本來他也該與王允長子、侍中王蓋享受同樣待遇的，只是由于尚書令士孫瑞事先得了皇帝吩咐，出面保下他，這也算是讓王凌遠離了這場風波。
有了黃琬、趙戩與王凌的例子，足以表示皇帝不愿將王氏黨羽連根拔起，于是朝中人心漸漸平復下來。
以皇帝潔身自好的性格，自然不會親自下黑手翦除于國有功的重臣，他在事先下發口諭令太尉馬日磾與前將軍趙謙負責此事后，便一清早就擺駕出城前往上林苑，提前開始了準備在月底才進行的演武。
這次演武由羽林、虎賁、北軍五營、還有宮中兵衛參加，一共有一萬七千余人，步騎兼備，弓弩強勁，單論氣勢，就足以稱得上是一支精兵。
在拿出從郿塢繳獲的財物犒賞三軍將士，各有提拔之后，眾軍士氣高漲，將校擁戴，迅速將李傕等十萬大軍壓境所帶來的不利影響給消除到最小，并且穩定了軍心。
等到身在上林苑的皇帝處理完了軍中的一切，得到馬日磾命尚書臺下詔對付王允的消息后。他立即連夜趕回長安，做出一副毫不知情的驚愕模樣，但這時候王允黨羽早已盡數入獄，詔旨已發，不可追回，只得默認事實。
一場自董卓死后便引發的朝堂爭斗，終于在這兩天塵埃落定，勝負立分。
王允倒臺，朝廷在皇帝的主持下開始論功行賞，以前將軍趙謙為司徒、與太尉馬日磾并錄尚書事；以光祿大夫楊彪任光祿勛，頂替了南陽人鄧淵，為皇帝掌握郎衛；其后又遷廷尉正法衍為廷尉，專司王允案。
不久朝廷又調整官吏，將光祿勛屬下羽林、虎賁兩支郎衛分割獨立出來，成為與北軍五營一樣的編制軍隊，各自擴充兵額，共六千人。同時也分離出了謁者臺，將謁者臺正式從名義上獲得與御史臺、尚書臺等同的地位。
這樣做一來擴充了軍隊，方便將羽林、虎賁直接歸皇帝掌握，另外也能提高謁者仆射楊眾的地位，算是變相的酬功于楊氏。
最后詔拜征西將軍皇甫嵩為車騎將軍，并以其為主，北軍中候王斌、羽林中郎將徐榮等人為副，統率長安各軍負責守衛城池。趙謙為表支持，主動將手下四千益州叟兵交了上去，這支叟兵是由叟人組成的軍隊，以勇敢善戰著名，曾借此鎮壓白波黃巾。
這樣再加上皇甫嵩手下兩千余人，建義中郎將段煨手下萬余人，以及護羌校尉楊儒招募的三千新兵、荀攸與皇甫酈前往左馮翊以財物說來助戰的數千羌胡義從，長安可勉強拉起一支將近四、五萬人的隊伍。
此事過后，還引起一陣余波，長安市民在甫一開始聽到王允被捕入獄后，在有心人的挑唆下輿情紛擾，險些鬧出事端。
皇帝為了安定城內百姓，命京兆尹司馬防內松外緊，逐一排查，在處決了幾個尋釁滋事的惡徒、以及秘書丞王凌改任長安令現身說法以后，長安才逐漸開始安定。
