對待‘蒙’古就不能像建奴那樣要么誅殺要么俘虜帶到其他地方做苦役了，因為一來他們所占據的土地大多都不適合做耕地，很難吸引關內的移民填充，就算將他們全部遷走，還是會有其他地方的蠻族來占據他們留下的土地，繼續‘騷’擾大明的邊鎮；二來如今的‘蒙’古騎兵早已不復當初成吉思汗時的實力，而且各部落之間彼此廝殺不斷，早就成了一盤散。,:。，他們并沒有能力給大明制造多少麻煩。
所以，李悠的計劃是用軍事、經濟、政治等多種手段來加強對大漠的統治，先在各處戰略要地筑城，建立城堡以駐軍，再在周圍展開屯田以節約開支，以軍事力量鎮壓諸部，讓他們不敢反抗，同時維護商路的通暢和商人的安全。
與此同時，在靠近大漠的幾座城池建造各種農牧產品加工工坊，用來將草原上盛產的羊‘毛’、羊‘肉’、牛皮、牛‘肉’等物加工成暢銷產品銷往各地，用經濟手段來對草原進行控制；然后在各處城堡的外圍建立商棧用來收購‘蒙’古人的產出，銷售他們日常所需的茶葉、鹽等物品，將他們的日常生活和商路的通暢捆綁在一起，將‘蒙’古草原納入到大明的經濟圈之內，等這里所有的人都要依靠和中原的‘交’易來換取需要的商品時，他們就再也無法擺脫大明的控制了。
當然，李悠還會在城堡外面建立學堂，官府衙‘門’，學堂用來教導那些部落貴人們的子弟，將來如果沒有完成學堂的學業，他們就沒有資格繼承父兄的地位，然后用大明文化的優越‘性’將他們慢慢同化；官府則用來維持當地秩序，慢慢和那些部落貴人爭奪權力，并最終將這些地方變成大明官府的直接管轄地。
此外，李悠還打算引進中原的宗教來和密宗、薩滿教等爭奪信徒，所以他也會在城堡周圍建立一些寺廟道觀，讓那些僧侶和道人以此為基礎，廣泛吸納信徒。
在逐漸‘蕩’平了林丹汗的殘余勢力之后，李悠開始分配任務，他將剛剛打下的草原分成幾個都護府，讓曹變蛟、李自成、張獻忠等年輕將領充當都護，并對‘蒙’古草原上的勢力范圍進行了重新劃分，靠近城堡、擁有‘肥’美草場的土地被劃給了那些臨陣倒戈的部落，而更遠一些，較為一般的草場被劃分給很快就屈膝投降的部落，至于少數負隅頑抗的部落，則只能分到最為貧瘠的草場，或許用了多久，他們就會被其他部落徹底吞并。
雖然大多數俘虜都被放歸，但林丹汗的親信部落卻不能輕易饒恕，這些人將負責‘蒙’古草原通往中原的大道、還有各處城堡的修筑，大明此前在修筑寧錦防線的過程中積累了豐富的經驗，再加上李悠又融入了西方棱堡的長處，等城堡修好以后，只需數千兵馬駐守，就可牢牢控制住廣袤的土地。
等安排完這些事情，將‘蒙’古草原的東部留給曹變蛟、李自成等人處置，李悠則帶領著盧象升、曹文詔、滿桂等人繼續向西方攻去，在哪里還有衛拉特‘蒙’古沒有消滅，他們因為和林丹汗的仇恨，所以沒有參加這次的聯軍，倒是讓他們暫時躲過一劫。
衛拉特‘蒙’古元朝稱為斡亦剌惕，到了大明則稱作瓦剌，因其與成吉思汗家族有世婚關系，所以在‘蒙’古諸部中享有特殊的地位，在朱元璋起兵推翻‘蒙’元的過程中，衛拉特‘蒙’古逐漸壯大實力，不斷兼并其他部落。
到了明成祖朱棣時，他曾在御駕親征中大敗衛拉特‘蒙’古，衛拉特‘蒙’古的首領脫歡接受了朝廷的封號，稱順寧王；等到脫歡的兒子也先繼位的時候，衛拉特‘蒙’古發展到鼎盛，控制東部‘蒙’古各部，一面又利用軍事征討、封官許愿、聯姻結盟等手段，把乞兒吉思、哈密、沙州、罕東、赤斤、兀良哈三衛等，分別置于自己統治之下，又結好‘女’真各部，使之為其效力，極盛時勢力東抵朝鮮，西達楚河、塔拉斯河，北括南西伯利亞，南臨長城。
并對大明發動了大規模進攻，明英宗在宦官王振慫恿下御駕親征，也先‘誘’明軍至大同，破其前鋒。緊接著，又聚軍于土木堡，殲滅明軍主力，俘明英宗而去；這一戰之后大明元氣大傷，但于謙在京城卻也給也先帶來了慘重的損失。
其后，衛拉特‘蒙’古內部發生分裂，也先和脫脫不‘花’爆發‘激’烈戰爭；脫脫不‘花’初與弟阿噶多爾濟聯兵，彼此實力大致相當，難分勝負。后因兄弟內訌，阿噶多爾濟叛投也先。脫脫不‘花’勢單力薄，逃往兀良哈，衛拉特‘蒙’古就這樣逐漸衰落了。
也先之后，達延汗興起，東部‘蒙’古逐漸壓過了西部‘蒙’古，時到如今衛拉特‘蒙’古分為準噶爾、和碩特、杜爾伯特、土爾扈特四部，準噶爾部強勢控制天山南北，土爾扈特部西遷到伏爾加河沿岸，和碩特部在固始汗率領下遷到青海，杜爾伯特部游牧于科布多阿爾泰山一帶。
也就是說，衛拉特‘蒙’古現在正好占據著昔日大唐安西都護府的轄地，由于這塊土地重要的地理位置，以及日后葛爾丹對中原的威脅，李悠都不能任由他們逍遙自在，現在土爾扈特部和杜爾伯特部或許還有些鞭長莫及，可準格爾部和和碩特部卻必須要解決。
這兩個部落的實力比起林丹汗的聯軍來，卻又要弱了許多，李悠在留下半數人馬鎮守東部‘蒙’古之后，余下的兵力解決他們依舊是綽綽有余，反倒是青海和西域復雜的氣候、險要的道路給他們造成的麻煩更大。
不過李悠對這里的地形、氣候倒是格外的熟悉，指揮這大軍有驚無險的避過了許多自然災害，順利的找到了準噶爾部和和碩特部的主力，并將其擊敗，收回了中原對青海還有西域的統治權，重新建立安西都護府和北庭都護府，以曹文詔和陳繼盛二人鎮守此地。
