周士相沒有回南都，而是在鎮江養傷。之前他為了安定軍心強撐上馬，導致腿傷加重，腿骨也有些移位，故渡江之后，在郎中們的勸阻下，周士相只得暫在鎮江休養，免得因顛簸導致右腿落下終生殘疾。他沒有住在鎮江城中，而是選擇在鎮江北固山上的甘露寺休養。
離開揚州前，周士相頒令委任葛義為江淮經略使，同時組建江北軍。
江北軍是太平軍自討安南遠征軍之后的又一個固定軍團編制，軍團下轄三步兵鎮、一騎兵鎮。步兵鎮于原有三旅編制再新設一炮兵營，每鎮有兵10020人。三鎮由原第一鎮、第三鎮丙旅、第十三鎮改編擴充而成。其中第一鎮軍官老卒3500人，補降兵6000余；第三鎮丙旅軍官老卒900余人，又從第二鎮抽調千余官兵，新補降兵六千余人；第十三鎮則補4000余降兵。三鎮總計補入降兵一萬七千人。
補充兵源都是渡江以來在歷次戰斗中被俘及投降的清軍，以綠營和漢軍為主。對于降軍處置，周士相依如從前要求，嚴令將不領兵，兵不歸將，即原先的清軍各級軍官（把總以上）全部押到南京及鎮江，不能直領本兵于太平軍中任職。士兵則分散補入各鎮，先由各鎮安軍使組織進行思想改造，并進行為期十五天的入營訓練，之后再由各鎮統一分發至衛、隊。
押到南京和鎮江的清軍中高級將領，則進入軍事改造班學習，視其能及表現斟酌使用。對于犯下過屠城罪刑的清將（千總以上），且不是反正而是被迫投降的，周士相給下面的意見是一律明正典刑，不得縱容寬大。對于主動反正的清將，周士相給出的意見是愿卸甲者，給予錢財補助，許其歸鄉。仍愿于軍中效命的，則按原官降級使用。降級標準以其反正所立功勞大小定。
如淮安參將陸如龍因反正有功，現安排為江北軍第三鎮千戶，兀兒特、功間色、岳得濟等反正兩白旗將領則給予北地總兵以下官職（代領），伺將來大軍北上收復這些地方后，則予以實領。只因受于形勢不得不反正，反正之后寸功未立者，如揚州城中一干漢軍綠營將校，則斟酌使用。
補充完畢的第一鎮改稱江北軍第一鎮，駐地揚州，鎮將由原第十五鎮鎮將齊豪接任；第三鎮丙旅改稱江北軍第二鎮，鎮將由原第一鎮副將朱慶來升任；第十三鎮原先是由從廣西招募的狼兵子弟組成，現改稱為江北軍第三鎮，鎮將尚可遠是清平南藩下舊將；騎兵鎮是由反正的兩白旗滿兵加被俘投降的蒙軍、太平軍老騎兵數百人組成，共計四千余人，稱騎兵第二鎮，鎮將由新三鎮的邵成國接任。
江北軍組建補充完畢后，即向北面的高郵、寶應進軍，兵鋒直進淮安府，然后駐兵徐州一帶，若有可能，江北軍將奪取徐州這座五省通衢之地，同時用兵江南左（安徽），在淮揚之地建立穩固防線和前進支點，此謂守江必守淮矣。
降兵補入各鎮后，也新定了降兵等級制。即以其投降時間為準，將每批降兵定級，然后結合戰場表現、戰功多少晉升提拔。對于補充降兵過多的鎮，除安軍使這一塊外，大抵遵循的是“先降兵管后降兵”的原則，通過這種“先降管后降”的手段，使降兵之間形成等級制，從而削弱降兵有可能存的抱團抵觸，也方便對于降兵的管治訓練。
有人戲稱這種手段和滿州人的八旗制度很相似，只不過滿州壓蒙古，蒙古壓漢軍變成了太平軍官兵壓先降兵，先降兵再壓后降兵。本質上一樣，名目不同，換湯不換藥，理糙但效果卻佳。
事實證明，大量早期就被俘及投降的清軍降兵一旦獲得了太平軍給他們的管治權，立時就變得對太平軍無比忠誠，他們樂意在那些剛被押入營中的俘虜面前“展示”自己的存在，對于違反了太平軍條例命令的“后降兵”們，這些“先降兵”恨不得群起攻之。而一旦有“后降兵”表現出了對太平軍或“先降兵”們的某種敵意，往往不用軍官和安軍使們出面，這些“后降兵”就會遭到“先降兵”的教訓，輕則體罰，重則打死。
因為安軍使的制度只在草創，并未成熟，且缺乏足夠的人材擔任，周士相也沒有足夠的時間去完善這件事，故而太平軍事實上是向著他不愿看到的一面轉進，那就是軍國等級化，而非他一早設想的官兵一體化。軍國等級化的最嚴重后果就是軍中存在大量私刑，用后世的話說便是極無人權。這重點表現在新補入的降兵身上，在軍官和先降兵的層層壓治下，這些后降兵的境遇和從前為清軍時并無多大區別。
因為不斷戰斗，不斷傷亡，周士相早期在廣東舉辦的安軍使培訓班出來的安軍使陣亡了三分之二，現在的安軍使很多都是由軍官提任，除了知道有一本安軍手冊外，便對什么是安軍使，安軍使的任務是什么一無所知。每到戰斗，這些安軍使也大多和從前一樣拔刀呼喊沖鋒，渾然不知自己究竟要做什么。更讓周士相頭疼的是，這些新任安軍使們幾乎是百分百的不識字，所以想要指望這幫大字不識的安軍使將太平軍改造成一支“官兵一體”的人民軍隊，簡直是癡心妄想。
對這個現狀，周士相也很無奈，隨著太平軍這顆雪球的越滾越大，他發現自己將來統帶的將是一支典型的古代軍隊，而想要改變這個事實，他要做的還很多，可謂任重道遠。甚至于他的有生之年都不一定能將太平軍改造成功，因為除他之外，他部下的每一個人，無論是高級將領還是普通士兵，他們都是這個時代的原生土著。他可以通過他的強勢推行他的政治理念，帶領部下們去復仇，去中興漢家江山，但他不可能通過他的強勢將部下們徹底改造成幾百年后的人。(
