清瓜州水營統領是滿州正紅旗都統多弼，其父武爾吉乃是正紅旗第二佐領的首任牛錄章京，明崇禎朝大將趙率教便是其在遵化時一箭射殺的。
江上炮聲響起后，多弼就知道明軍定是在攻打北新洲炮臺。北新洲上雖有四千守軍，但多弼不知道明軍來了多少人馬，萬一北新洲炮臺丟失，那么瓜州水營就暴露在明軍炮火射程之下，弄得不好，瓜洲水營一條船也別想出港。局面真成那樣，多弼不敢想象皇帝會如何處置自己，為此立即點了漢軍和綠營，督促水營馬上出港增援北新洲，無論如何也不能讓明軍占了這江上要點。
發現清軍水營出港后，張煌言立即號令水師上下調頭迎上，雙方就在距離北新洲北側江面不到兩里處展開了激戰。
北新州上，登島的太平軍第一鎮兩個旅在副將朱慶來的指揮下奮勇沖殺，數十人手持巨木，喊著號子沖開了炮臺左側的清軍營地大門。太平軍一擁而上，北新州的清軍副將楊廣孝率親兵負隅頑抗，島上的泥濘地上到處都是廝殺的人群。戰至最后，楊廣孝見援軍突破不了明軍水師，便棄軍而走，藏匿在島上一隱秘處，后被搜島明軍發現，押至北固山上向大帥報捷。
見到傳說中的賊秀才后，楊廣孝竟是“撲通”跪地請降，周士相卻將手一揮，命親衛將此人擲于山下摔死。隨后頒令，此后清軍不戰而降者，用之；戰而不敵而降者，概不納。
張煌言指揮水師牢牢阻住多弼部，明軍水師雖水手強于清軍，但清軍船只卻多，雙方打成了平手，死傷都很慘重。后多弼發現島上清軍已潰，明軍已經使用島上火炮轟擊他的船隊后，不得已只得下令后撤。
水師此仗，明軍損失海船3艘，民船41艘，士兵1256人；清軍損失大小戰船57艘，士兵1640余人。北新島上登陸的太平軍第一鎮陣亡780余人，清軍傷亡1000余，余者盡降。
原計劃奪取北新洲后，明軍將繼續攻擊北岸的瓜州水營，以徹底拔除這顆毒瘤，使江北清軍無法過江。但因水師損失過大，將士疲勞，張煌言便令撤軍。北新州由第一鎮兩旅和鄭軍一部，計5800兵合守，副將朱慶來親自坐鎮。
就在北新洲島上和附近江面上明清雙方廝殺之時，余新和魏大龍帶著700多士兵乘30多條船只沖向了清軍的木浮營。木浮營是捆綁巨木而成的浮壩，壩面以土填平，可容納士兵五百人，火炮四十門，四角為尖頂，船只遇之立碎，滿洲人稱之為“木城”。
魏大龍先帶人潛入水中，悄悄觀察了木浮營的結構后回到船上。
余新不待魏大龍喘口氣，就急切的問他：“如何？魏兄弟！”
“是繩索，比滾江龍的鐵鏈容易多了！”
魏大龍呼了口氣，搓了搓冰凍的雙手。雙手通紅，臉上更是通紅，卻不是因為凍的，而是因為興奮。
“那就干他們！”
余新親領四艘沙船，對著木浮營直沖，清兵發現，立即開炮，四條船隨即后退到射程之外，然后掉轉船頭，復又向前沖，清軍再開炮，有一條船中炮，剩下三條船退回，掉轉頭再沖，清軍不再上當，雙方于是對峙。
午時，下游方向聽不到炮響，余新估計張尚書和甘輝已完成任務，便命令所有船只一齊向前。清軍見狀，再次開炮，余新下令還擊，幾十條船火力全開，聲勢也很驚人。
“砰！砰！”數聲，木浮營被擊中，木片土石齊飛，清軍卻無懼意，這木城構造堅固，就是再轟上一天都無事。不想，一幕讓清兵駭破膽的事情發生了，原本厚實無比的木城結構竟然開始解體，不斷的隨江水飄流。
“城散了，快逃！”
木浮營上的清兵趕緊放下小船向北岸撤去。原來余新引誘清軍耗費炮彈的同時，魏大龍等人潛水割斷了清軍木浮營繩索。再用炮那么一轟，這木浮營自然解體。木城一旦解體，上面的清軍再多，火炮再猛，也是無濟于事的。
余新和魏大龍順利完成摧毀清軍木浮營的任務，但是付出的代價也不算小，30多條船只剩13艘，700多兵丁也只剩下400多人。
清軍水師退入瓜州水營后，船上、岸上的炮臺胡亂向著江面炮擊。聽著聲勢很大，然而全是無用功，浪費炮子而矣。
周士相于鎮江城賞賜有功將士，大贊甘輝、余新、郭法廣、魏大龍等將。
甘輝謙虛道：“國公過獎！這一仗之所以得勝，全是因為國公信重，放手大用我等而矣。”
余新和郭法廣、魏大龍等將卻是興奮，甚至有輕視韃子之意。見狀，坐在周士相身側的張煌言微微搖頭，板臉對他們道：“勝不驕，敗不餒。你們忘了南京城下的教訓嗎？忘了在上游逃竄的日子嗎？”
聽了尚書大人這話，余新頓時慚愧，郭法廣、魏大龍亦是羞愧。
周士相起身輕笑，示意尚書大人不必如此，打了勝仗，理當高興。
張煌言緩了緩臉色，道：“此役韃子瓜州水營雖有損失，但建制尚在，一日不將其拔掉，總是釘子。國公還要做作謀斷才好。”
周士相點頭道：“控住北新州，韃子水營就出不來。目的已經達到，能全殲固然是好，但若拼得損失慘重，也得不償失。我已令湖廣援剿軍團乘長江水師趕來，待大軍到齊，先拔了韃子水營，再和福臨小兒決戰。”說完，又向張煌言鞠了一躬，“到時，還要勞尚書大人費心費力。”
張煌言忙避了這一禮，道：“煌言一介書生耳，國公率全軍倡義復明，復我南都，于大明有大功，更于我浙軍上下恩重如山，殺韃之事，我自起兵之時便引為己任，國公不說，我亦不會推辭！”
周士相要葛義帶甘輝等人去吃酒席，與張煌言坐下談起鄭軍將士一事。太平軍破南京后共解救出了五千多鄭軍士卒，另有一萬多家眷，能夠找回的女眷都找回，找不回的多數便是死了。家眷現在都安置在南京，五千多鄭軍將士有兩千也安置在南京，余下都編在江南水師當中。可以說，江南水師的主力是由鄭軍士卒構成，占了一半，余下一半是浙軍，另一半則是太平軍。
周士相開誠布公的和張煌言說了自己的意思，他想將鄭軍將士留在太平軍中，這個余新也有此意，甘輝對去留都無意見，只是需要延平王的認可。所以周士相想請張煌言休書一封去金廈，說服延平郡王能夠同意甘輝、余新等鄭軍將士留在江南。
至于浙軍方面，張煌言早就和周士相談過，浙軍只剩兩千多人，家眷又多，不擅陸戰，沒有地盤，根本難以獨自發展。正如當年定西侯張名振死后，張煌言率部寄托延平藩下一樣，尚書大人這一會也是主動提出和太平軍合兵。周士相對此求之不得，自是滿口答應下來，也正因為張煌言主動提出合兵，才有江南水師設立。此因果關系。
張煌言有些遲疑，按他對延平王的了解，恐怕不會讓甘輝和余新留在太平軍中，但他還是答應休書，盡力相勸延平。
“也不知延平這會到底什么打算，是應國公相請來長江會師，共奉唐王呢，還是攻打達素，收復福健？”
張煌言暗自嘆息一聲，因為他覺得延平多半不肯奉唐王。(
