新會城中的混亂由東城向全城迅速蔓延，震虜營的大開殺戒更讓城中的百姓慘遭無妄之災。，混亂中，那些剛剛加入太平軍的降兵憑著對城中地形的熟識開始趁火打劫，除他們之外，更有清軍的散兵游勇也在混水摸魚，到處都是殺人的、勒索的、放火的。
城中的混亂在周士相進城后得到遏制，當發現震虜營正在對城中平民進行屠殺時，周士相立即派人召回葛正，命令他的震虜營即刻接手四門防務，不得再在城中行動。
不過饒是周士相的反應迅速，也挽救不了已被震虜營殺害的上千百姓性命，這讓他事后很是自責。說到底，這具身體的主人是地地道道的新會人，城中的這些從清軍口中撿回性命的百姓也都是他周士相實實在在的鄉親，甚至其中可能都有沾親帶故的，可是他周士相作為新會城的征服者卻奪去了他們的性命，這讓他深深的自責，同時也意識到降兵過多的加入固然加強了太平軍的實力，但同時也讓太平軍的軍紀更加敗壞，畢竟這些降兵都是些老兵油子，殺人搶劫對他們而言乃是家常便飯，指望他們立時能夠為太平軍的軍紀所約束幾乎不可能。
以流寇的裹挾方式壯大自身實力是周士相為太平軍親手選定的發展模式，但這不意味著他真的要將太平軍打造成流寇式的隊伍，尤其是不能接受他一造的軍隊成為屠城的兇手，若太平軍每攻占一地都要對百姓進行屠殺。這和清軍又有什么區別，又何以王師身份自居，更休提能夠穩固根基。獲得廣東百姓的支持了。
自古得民心者得天下，周士相雖然不敢奢望能得天下，但卻絕不愿失去民心，在清廷已經占領大半個中國的情況下，百姓的支持度對于嚴格來說還屬一棵幼苗的太平軍而言實在是最重要不過的事情。
太平軍絕不能成為流寇式的隊伍，也絕不能成為屠殺同胞的劊子手！
將葛正罵得狗血淋頭后，周士相命令進城的雄威營和虎捷營接手對城中殘余清軍的圍剿及追捕任務。近衛營則開始在太平軍已控制的地盤進行軍管。
雖說雄威營、虎捷營、近衛營在進城之后也有一些不良事跡，但相較震虜營卻是好得太多，其中最大的原因就是這三個營頭的綠營降兵并不多。多是從羅定始就參加太平軍的青壯，也多是窮苦人家出身，因此在入城后，他們沒有如同震虜營一樣大開殺戒。而是還能有效的遵守軍官的命令。對百姓沒有妄動刀劍。
近衛營奉命軍管后，立即對太平軍已經控制的地區進行封鎖，主要是封鎖街道和巷道，不允許任何人活動，也不許非近衛營的太平軍在這些地方搶劫放火。
禿子蔣和作為近衛營的百戶，雖說和滿臉橫肉的葛正一樣也是正宗土匪出身，不過和前者一旦殺得眼紅就什么也不管的性子相比，后者的覺悟高得太多。自制力也強得太多，至少在周士相的命令傳到后。他第一時間就率部執行了軍令，而不是放任部下在城中胡作非為。
雄威營和虎捷營接手對殘余清軍的搜剿后，很快就在新會城中展開逐街逐巷的搜捕，這種如地毯式的搜捕工作，讓那些妄想躲藏在民居中的清軍根本無法藏身，他們不是被逼無奈負隅頑抗，就是交出武器投降，有一些脫了兵服的更是被藏身地的百姓直接捆綁押出。
以太平軍為主的大規模屠殺在震虜營被調往四門防守后即告結束，余下的雖然也有不多的太平軍士兵參與，但更多的就是那些清軍的殘兵敗卒。
獲悉新會守將鄭國棟已從南門出逃后，周士相沒有派兵追擊，這些逃出去的清軍在他眼中已無關緊要，現在緊要的是徹底穩定新會城的局面，然后迅速將炸塌的城墻重建，他要在這里抵御即將到來的廣東清軍主力，然后擊敗他們。
想要在香山縣占住腳，前提就必須打擊廣州的清軍主力，使他們無力圍剿太平軍，如此，太平軍才可以安心在香山立足，不然，便是面對廣州清軍不斷打擊，在此情形下，立足恐怕就是奢望。
既然必須對廣州清軍加以一定打擊，那么選擇在香山和清軍進行小規模戰斗或游擊戰斗，那么就不如利用已被奪取的新會城消耗廣州清軍的實力，將新會變成如凡爾登一樣的絞肉機，將尚可喜和耿繼茂連同廣東總督李率泰的標營血流干，如此，南下香山才不虞會被清軍主力圍剿。
再者，周士相并不想放棄新會城，新會作為廣州的南大門有著獨天獨厚的地理優勢，控制新會就等于在廣州眼皮底下安下一根釘子，更可以將香山和粵西連成一片，便于同雷、廉、高三州明軍聯系。
孤軍作戰從來不是周士相所期望的，他更多的是想借助廣東境內殘余明軍一同對清軍進行壓制，因此保留新會并控制它就有極為重要的戰略意義，至少，控制新會城可以鼓舞西面明軍，打擊清軍士氣，也可以讓太平軍有進退余地，若香山真的無法立足，太平軍也可以從新會往粵西撤退，而不是被重新奪回新會的清軍圍死在香山縣。
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