現在的萊州城內，防御的明軍和青壯已經達到了二萬多人。而徐從治、謝璉兩位巡撫、再加上萊州知府朱萬年、總兵楊御蕃這四位官員分別主持把守一座城門，使得城內的士氣是相當的高昂。
而且萊州知府朱萬年的準備工作又是做的是相當到位，城內糧草、軍械和守城物資充足，面對著城外的三萬多叛軍，在一般人眼里，應該說守城是綽綽有余了吧。
其實不然。與固若金湯的登州城不同的是，萊州城所處的地勢并不十分險要。而且萊州城是在萬歷二十六年才重建的新城，它的城墻高三丈五尺，基厚兩丈四，有城門四座。城下為護城河，深兩丈，寬四丈。
也是因為有孫元化這個火器專家的指導，萊州城的建造參照了西洋筑城法，筑有炮臺。而且作為遼東的另一個后勤基地，城中的糧草、兵器充足。
但是不足的是重型火器較少，大多是明朝自產的輕型火炮，而且懂得操作火炮的士兵也不多。相比較而言，城外叛軍的炮兵在叛亂前都曾經接受過葡萄牙軍官的訓練，炮打的得特別精準。尤其對于靜止的目標，轟擊城墻的垛口，就如同打靶一般的輕松。
而為了攻打萊州城，叛軍調來了幾乎所有的紅夷大炮，從四面向萊州城轟擊。這火炮的威力是如此的強大，打得站在萊州城上的明軍幾乎抬不起頭來。
深知火炮威力的叛軍以為城內的明軍應該已經喪失了守城的勇氣了，因此，他們開始填埋護城河，準備運上攻城器械。
可是沒想到的是，當那些填埋護城河的叛軍剛靠近城墻以后，看起來空無一人的城墻上，總是會出現大量的明軍。在明軍的火銃和弓箭的射擊下，造成了叛軍大量的傷亡。而這么幾次三番下來，叛軍也明白了自己輕視了萊州城內守軍的意志力。
于是首戰小挫的叛軍休整了一下。他們分兵一部攻克平度后再回師攻打萊州。而在平度的搶掠，讓整個叛軍的士氣也為之一振。而更令人奇怪的是，叛軍攻城的人數，也越打越多起來。見到叛軍勢大，附近的土匪、流民等都紛紛來投。叛軍攻城的人數很快超過了四萬人，向著五萬的數字逼進了。
叛軍還總結了首次攻城不利的原因。他們決定集中火力，把所有的炮火主攻城的東北角。而在炮火的掩護下，叛軍不斷的挖地道，想以此攻入城中。
對此，城中的守軍也對癥下葯。在城中沿著城墻，每隔一段距離埋設了大缸，讓盲人從中聽出地道的方向后，守軍向地道里灌水，淹死了敵兵。誰說盲人在打仗中沒有用的啊？
但是叛軍根本不氣餒。叛軍再次派兵在城邊挖地道，挖成大洞后，用棺材裝滿火藥置入其中，擊發引火，爆炸后城墻被炸塌了數丈。
可當叛軍從城墻缺口處蜂擁而入時，早有準備的守軍向涌入的叛軍潑下沸油，再扔下火把，沖天烈焰下叛軍死者枕籍。而徐從治等再命人投下早已準備好的沙袋，堵塞缺口。
而萊州城的守軍并不是只會被動挨打，守軍打得也極為機動靈活，在夜里，徐從治等又派出敢死隊悄悄出城，從幾個方向出擊，擊毀叛軍的多座火炮，并頗有斬獲。
而就在這個時候，從京營趕到的神機營參將彭有謨沒有象他的同僚一樣在青州畏敵不前。他帶著三百多名神機營官兵，趁著夜黑，果斷順著城外叛軍包圍圈的縫隙，沖進了萊州城內。
這樣一支首支到來的援軍，使得城內是士氣大振。更為重要的是，彭有謨帶來的都是神機營的火器專家。他們加強改進了火炮的技術，提升了守軍的操炮水平。于是城內的炮火也逐漸地把叛軍的炮火壓制了下來。
之后在叛軍的一次趁夜偷襲中，參將彭有謨又率兵連續打退了叛軍的三次進攻，萊州軍民稱其作為是有“再造之功”。這勝負的天平首次向萊州城內的明軍傾斜了過來。
而就在萊州城內軍民血戰的時候，朝堂上剿撫兩派官員的口水仗也越演越烈。
而當時被俘的孫元化曾經對孔有德等叛將曉以利害，明以大義。面對著孫元化的規勸，孔有德表示出了回心轉意，請求招安的態度來。
這時候的崇禎皇帝還是傾向于招安的。因為當時明朝各處民變，關外又有后金軍圍困大凌河城。整個朝廷是處處用錢，兵力也是捉襟見肘。如果能夠招安，那么起碼可以緩解眼前的困局。
再加上以首輔周延儒為首的這派官員，為了保住自己的官位，也為了救援下孫元化這些親信，他們也竭力主張對叛軍招安。到底首輔的官位大，所以在朝堂上，招撫的意見就這么占了上風。因此，朝廷也同意孫元化帶罪招撫。
但是接下來，不可思議的一幕又發生了。山東巡按王道純竟然私自藏匿了詔書，叛軍以長時間求招安不得為理由復亂。
而孫元化苦口婆心地再一次說服叛軍，讓他回朝陳明真相。可當孫元化返京之際，王道純派軍襲擊叛軍，致使叛軍攻打萊州，亂事擴大。
在后來的歷史上，有些歷史學者就指出了：如果不是王道純的擅自行動。可能孫元化的招安會取得成功。這局面也不會達到后面那種不可收拾的局面。
在他們看來，孔有德這些叛軍的叛亂好象有很大程度上應該怪罪于王道純的背信棄義上。而孫元化后面的死，也是完全是被冤枉的。
從表面上看起來，這些歷史學者的話好象有些道理。可看看王道純奏章上疏言吧。
““賊日以撫愚我，一撫而六城陷，再撫而登州亡，三撫而黃縣失，今四撫而萊州被圍。我軍屢挫，安能復戰？乞速發大軍，拯此危土。”
對于已經把背信棄義當成了家常便飯的叛軍，王道純有什么理由相信他們接受招撫的諾言呢？
以筆者看來，孔有德他們要求朝廷的招撫，最大的可能性也就是緩兵之計。等到叛軍準備完備以后，他們肯定會再次叛亂的。這野心家的野心已經起來了，還妄想著他們再把自己的野心收斂起來嗎？
可是話反過來說，王道純那種違抗朝廷政令，私自藏匿了詔書的舉動也是該大加鞭撻的。王道純個人的做法無論是如何正確，也不應該違抗朝廷的政令。這也就是現代的“保留個人意見，但堅決服從組織”這話的意思。
要知道，可能在某件事上，真理確實是在個人的少數人這一邊。可在絕大多數的情況下，處在底下的官員的視角是狹隘的，他認為正確的事也是在局部方面的。而朝廷考慮問題往往是從全局考慮的。局部正確的事，可能在全局就是錯誤的事。而這種情況是經常發生的。
如果都隨著底下個人的意見亂來，那么怎么樣保障朝廷的政令暢通呢？所以從這件事就可以看出來，當時明朝的政令傳達和執行是如何的混亂啊！
所以這么一來，孫元化和王道純的奏章，就使得整個朝堂的爭論是混亂不堪。
主張招撫的官員就說：是王道純他們這些違抗朝廷政令官員的舉動，導致招撫叛軍的不成功。只要派出合適的官員再次招撫，應該能夠取得招撫的成功的。
而主張圍剿的官員就說：叛軍兩次三番屢撫屢反，顯示出了叛軍的狼子野心。因此，應該放棄招撫叛軍的幻想，調集大軍，把處在明朝內地心腹的叛軍剿滅干凈。
但是由于周延儒的首要政敵溫體仁還是保持著沉默，那些主張圍剿的官員就因為群龍無首，得不到很好的組織。因此，在統一了思想的主張招撫的官員的眾口一詞之下，崇禎皇帝再次傾向了招撫，派出了招撫叛軍的官員。
這時朝廷就派出遼籍文官中官銜最高的張國臣前往招撫，而張國臣又一次受到了叛軍詐降的蠱惑，他命令萊州城中的軍民和各路援軍不許擅自出戰，以免破壞撫局。
