肖天健的擔心最終還是成為了事實，就在肖天健率軍一路高歌攻略南直隸的時候，整個清國上下的重要人物可以說都將注意力放在了大明南方的戰事上面。
建奴崛起可以說和漢奸有著分不開的關系，一些晉商以及他們背后的一些官吏，為了一己私利通過張家口一帶，從來都沒有停止過向關外輸出各種物資，并且為了蠅頭小利，甘當韃子的探子，出了源源不斷的將各種建奴所需的物資通過各種途徑運送到關外賺取金銀之外，還源源不斷的將大明的各種情報傳遞給建奴，所以建奴方面從來都不用擔心，會對大明的情況不了解。
再加上刑天軍在晉南崛起之后，因為肖天健痛恨這些勾結建奴的漢奸，從一開始便屢屢和這些于關外勾結的商賈們作對，不斷的襲擊搶、劫他們的貨物，還時常襲殺這些商賈的商隊，故此這些和建奴之間勾結的商賈們對刑天軍和肖天健可以說早已是恨之入骨，于是更加變本加厲的盯著刑天軍的情況，不斷的將刑天軍的消息傳送到他們關外的主子手中。
本來前些年建奴上下對于刑天軍并沒有給予多大的重視，也僅僅是把刑天軍當成大明內部眾多的流寇之一，根本就沒有將刑天軍放在眼里，但是崇禎十一年底，皇太極兩路發兵派出睿親王多爾袞和岳托叩關而入南下入寇，卻萬沒有想到在京輔之地之中，遭遇到了肖天健率領的刑天軍一部精銳兇猛的抵抗。
不管是多爾袞和岳托，都在大明京輔之地吃了肖天健的大虧，隨軍入寇的各旗都或多或少的遭受到了損失，甚至于杜度麾下的鑲紅旗更是險一些全軍覆沒在刑天軍手中，而且隨軍南下入寇的幾個蒙古八旗也都損失慘重，總體上那一次南下折損建奴軍近一兩萬人，這種損失對于建奴來說是一次空前的，令建奴上下無不為之震驚，同時也都對肖天健和他麾下的刑天軍恨之入骨。
那一次如果不是大明王朝做出了錯誤的決定，最終明思宗朱由檢為了面子問題，不但不許官軍配合刑天軍對付建奴，而且相反還嚴令京輔各地官員不得給刑天軍提供任何物資，更是想要趁著那次的機會，將肖天健和他麾下的刑天軍精銳剿滅在京輔之地，可是最終作為執行者的高起潛和眾多官軍實在是太差勁，不但沒有能剿滅掉肖天健和他麾下的刑天軍精銳，反倒是在刑天軍犀利的兵鋒之下，被打的大敗虧輸損兵折將，最終不但折損了數萬官軍，而且還導致了大明重臣盧象升倒戈投向了肖天健，連朱由檢視之為心腹的閹臣高起潛也被肖天健俘虜了回去，高起潛這個家伙為了保命，還高調宣布投降了刑天軍，沉重的打擊了大明皇帝朱由檢的聲望。
而且大明的南方大將左良玉還奉旨趁著刑天軍主力精銳北上抗擊建奴軍的時候，突然間發重兵攻入刑天軍當時控制的河南，攻克南陽府，并且制造了南陽之屠，肖天健迫不得已之下，為了回護刑天軍的地盤，最終率部撤離了京輔，放棄了追擊建奴軍，最終才使得建奴軍輕松攻入山東，并且打下了濟南府，飽掠一番之后，退出了關外。
如果不是大明皇帝那次使出那樣的昏招的話，多爾袞回想一下都覺得后怕，不知道他和岳托能否在刑天軍的追擊之下，順利的再帥大軍平安撤回關外，不過后來岳托還是在返回關外不久之后，便病倒在床，沒多久便死在了返回盛京的道路上。
崇禎十一年底和十二年初建奴南下入寇的那次行動，刑天軍給建奴軍造成了很大的損失，同時他們兇狠的戰法和旺盛的戰意也讓建奴上下想起來便位置不寒而栗，在心理上形成了一定的陰影，回到關外之后，許多建奴軍一提起刑天軍，便有些不寒而栗，以至于使得建奴在這兩年之中，再也沒有對關內組織大規模的入寇行動。
同時那次入寇出關之后，本來已經對女真韃子俯首帖耳的一些蒙古部落也出現了不穩定的情況，許多蒙古韃子從那一次入寇之中，看到了大明人之中，還是有相當強悍之輩的，心理上不再那么懼怕女真韃子們了，于是一些蒙古部落便開始動搖了起來，甚至于還暗中派人到晉北一帶，和刑天軍勾勾搭搭了起來。
甚至于連早已被他們征服的朝鮮國在從各種渠道了解到了建奴入寇的戰事情況之后，也開始又有點變得不太那么恭順了。
所以崇禎十一年末的那一戰，表面上來看，建奴軍最終還是成功的從大明境內擄掠了大批財物金帛和奴隸出關，獲得了空前的勝利，但是那也僅僅是對大明王朝單方面上的事情，對刑天軍的各場戰事之中，建奴軍可以說是一敗涂地，事后為此給建奴帶來的負面影響卻十分深遠，使得建奴上下不得不對這個肖天健還有他麾下的刑天軍給予了高度的重視。
在崇禎十二年建奴軍出關之后，皇太極和建奴朝中的各個親王貝勒們以及諸臣都恨透了刑天軍，但是卻又都有點害怕刑天軍，一方面他們要重新對已經有點開始翹尾巴的蒙古諸部進行彈壓，迫使這些蒙古諸部重新臣服于他們，同時還要對朝鮮國施壓，迫使朝鮮國重新老實下來。
另外他們各部在對刑天軍的交戰之中，除了未曾出征正黃、鑲黃等三旗未遭損失之外，其余各旗都有不同程度上的損失，特別是鑲紅旗更是損失慘重，不得不回到關外之后，重新補充人丁，使得建奴在短時間之內，再也無力南下入寇。
皇太極其實是一個很聰明的人，這一點任何人都不能否定，雖說那次入寇，一定程度上削弱了多爾袞這個勁敵對他皇位的威脅，這一點上讓他很是滿意，可是他很清楚他是不能輕易的動多爾袞的，所以多爾袞率軍出關之后，并未因為敗給刑天軍而遭到責罰，皇太極還對他溫言撫慰了一番，還是穩定住了建奴內部的局面。
進而他很快便對蒙古各部進行了一次大規模的施壓行動，用幾個月的時間殺掉了一批有點蠢蠢欲動不太聽話的蒙古族人，重新將蒙古諸部穩定了下來。
同時皇太極還再一次主動向大明朝示好，表示愿意和大明朝議和，并且信誓旦旦的說今后他們大清和大明便永結秦晉之好，從此再也不相互攻伐，朱由檢在這個時候，也正是如同熱鍋上的螞蟻一般，急的不知道該如何是好，于是一聽說奴酋皇太極愿意和大明議和，于是便忙不迭的答應了下來，派人在十二年底之前，和建奴達成了和議，甚至于不惜與將錦州割給了建奴。
皇太極通過這次明清和議，可以說又大賺了一把，在不費吹灰之力的情況下，便將他們屢次想要奪占卻未能奪占的錦州給收入到了囊中，同時還名正言順的和大明皇帝平起平坐，他的皇帝身份也從法理上正式得到了大明的承認。
皇太極這么做其實原因也非常簡單，他已經通過上一次入寇，看出來刑天軍很可能將會成為他們建奴今后的一個大敵，他與其在這個時候和大明為敵，在北方牽制大批大明的精兵，那豈不等于是在給刑天軍這個未來的勁敵幫忙了嗎？
于是他便以和議的方式，暫時性的和大明結成盟友，將大明北方的精銳官軍從他們建奴大軍的威脅之中暫時解放出去，讓他們可以被明思宗朱由檢調入關內，去對付刑天軍，這對于他們建奴來說，是一件兩全其美的事情，他完全可以坐山觀虎斗，看著大明和刑天軍這些漢人之間自相殘殺，而他則可以坐收漁翁之利。
大明如果通過這次和議能打敗刑天軍的話，對他來說無疑解決掉了一個潛在的敵人，省的刑天軍的肖天健今后入主中原，揮師和他們大清為敵！也從心理上擺脫掉了建奴上下對刑天軍的恐懼！
如果大明官軍入關之后，未能剿滅刑天軍的話，那么在他看來，大明官軍和刑天軍之間也肯定會發生大規模的戰事，雙方打下來，刑天軍即便是獲勝，也將會損失慘重，這樣的話不管是大明還是刑天軍的實力都會被削弱，今后他如果想要揮師入關的話，也會少了許多麻煩。
而且大明朝廷將大批關寧軍調入關內，北方便兵力空虛，為他今后破關入寇，也創造了很好的條件，免去了他很多麻煩。
所以皇太極這一招可以說是極為陰損，但是卻不得不說他這么做是非常明智的選擇，所以在和大明達成和議之后，皇太極便嚴令各旗旗主暫時都不許襲擾大明，充分的給大明一些時間，讓大明抽調關寧軍入關，去對付刑天軍。
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